Rezultati monitoringa kažejo že več let kažejo, da so vode v Sloveniji najbolj ogrožene na severovzhodu države. Tu je pogost problem preseganje mejnih vrednosti za metolaklor, kobalt in terbutilazin. V dobrem ekološkem stanju je v celotnem toku le Mura.
V porečju Mure kar devet od 12 voda ne dosega dobrega ekološkega stanja. Najpogostejši vzrok za nedoseganje okoljskih ciljev sta hidromorfološka spremenjenost in splošna degradiranost, ki se vrednotita z bentoškimi nevretenčarji in ribami. Na večini rek se kaže tudi obremenjenost s hranili in z organskimi snovmi.
Tako je Kobiljski potok preobremenjen s kobaltom, metolaklorom in terbutilazinom, Velika Krka pa s kobaltom. Tudi Ledava in Ščavnica sta preobremenjeni z metolaklorom. Reki imata v zaledju veliko kmetijskih površin, zato na Arsu sklepajo, da gre za posledico rabe herbicidov na kmetijskih površinah.
V severovzhodni Sloveniji so po podatkih Arsa problematične tudi podzemne vode. Slabo kemijsko stanje podzemnih voda so zabeležili v Dravski in Murski kotlini. Vzrok je prisotnost nitrata, v Dravski kotlini tudi atrazina.
Ribiči opozarjajo tudi na pregnojenost, škropiva, mulj in visoke temperature, ki ogrožajo vode. Pogini rib so namreč dokaj pogosti, saj se dogajajo izpusti različnih snovi v vode, zaradi česa živelj v njih umira.
