Barbara se je v sodni dvorani spopadla z dvema odvetnikoma, ki sta branila Sandija Grubeliča. Eden je bil prekaljeni dr. Peter Čeferin, drugi pa Žiga Klun, ki je zaslovel v njegovi senci. Prvič je bil Grubelič oproščen, v drugo pa je Brezigarjevi uspelo dokazati, da je poslovna goljufija kaznivo dejanje, in sodišče je Grubeliča obsodilo na sedem let zapora.

Generalni državni tožilec Anton Drobnič, ki je bil Brezigarjevi še posebej naklonjen, jo je po tistem, ko kljub njegovim pričakovanjem ni postala vodja ljubljanskega tožilstva, leta 1996 postavil za vodjo skupine državnih tožilcev za posebne zadeve. Skupina je bila ustanovljena z namenom, da bi se ukvarjala izključno z zahtevnejšimi zadevami, povezanimi z organiziranim kriminalom. A so ji potem dodeljevali tudi politično občutljive zadeve, med drugim brniško orožarsko zadevo, divje lastninjenje in afero Depala vas. Skratka zadeve, ki jih niso zaupali navadnim tožilcem. Afera Depala vas, ki se je zgodila marca leta 1994, jo je še posebno zaznamovala. Vse kazenske ovadbe je Brezigarjeva namreč tri leta po dogodku v Depali vasi zavrgla kot neutemeljene. Ta njena odločitev še danes ostaja sporna. Nekateri so jo ocenili kot politično modro, tožilsko pa povsem nestrokovno. Zase sicer rada pove, da so njene tožilske odločitve strokovne in nikoli politične.

Ko je leta 1999 kandidirala za generalno državno tožilko, je morala to mesto prepustiti protikandidatki Zdenki Cerar. Zaradi nesoglasij je po treh letih in pol odstopila z mesta vodje posebne skupine državnih tožilcev. Jabolko spora je bila zahteva, da zavrže kazenski ovadbi proti kriminalistoma Dragu Kosu in Romanu Prahu zaradi nevestnega dela. Ovadba jima je očitala, da sta brez dovoljenja sodišča pridobila izpiske telefonskih klicev novinarja TV Slovenija Tomaža Ranca. "Kot vrhovni državni tožilki mi je bilo pred gosti in nižjimi tožilci prepovedano, da izpeljem svojo odločitev. Omajan je bil moj ugled in ocenila sem, da tako ne gre več naprej," je komentirala svoj predčasni odhod.

Marca 2008 je predlagala razrešitev takratnega tožilca iz posebne skupine Boštjana Penka. Letel je po pregledu dela zadnjih dveh let, šefica pa mu je očitala napačno vodenje zadeve Orion.