V začetku devetdesetih let so male hidroelektrarne uživale varno državno podporo, ki je pripomogla k širitvi gradenj tovrstnih elektrarn. V drugi polovici se je odnos javnosti do malih hidroelektrarn poslabšal in odkupne cene elektrike so se znižale. Vendar so združeni lastniki hidroelektrarn ob prelomu tisočletja vendarle uspeli doseči sprejem varovalne energetske zakonodaje, ureditev glavnih okoljskih vprašanj, kot so koncesije.
Zaradi novih razmer in novosti pa se med lastniki malih hidroelektrarn znova poraja vprašanje, ali jih bo država tudi v prihodnje podpirala ali pa bodo morali zaveznike iskati med odjemalci. Ob tem se bojijo, da bi zaradi prevzema vodne direktive Evropske unije utegnili izgubiti kar 20 odstotkov svoje proizvodnje.Liberalizacija trga utegne prizadeti male hidroelektrarne
BLED - Liberalizacije trga električne energije se je dotaknila tudi malih hidroelektrarn, kakšen natančno bo njen vpliv, pa še ni znano. Lahko se zgodi celo, da bi lastniki malih hidroelektrarn izgubili dosedanje spodbude, kot sta zagotovljen odkup električne energije in dodatek k tržni ceni elektrike, so na današnji prvi slovenski konferenci Male hidroelektrarne na odprtem trgu na Bledu spoznali lastniki malih hidroelektrarn.