Odpadne vode iz Ekolata vsebujejo precej maščob, ki se pri procesu čiščenja odpadne vode kopičijo v blatu. Ta dehidrira, njegova struktura pa je zaradi velike vsebnosti maščob drugačna, to pa pri visokih temperaturah in nizkem tlaku povzroča smrad, ki so ga zaznavali v okolici.
Tudi kraji dolvodno imajo danes kanalizacijske sisteme, ki so priklopljeni na čistilne naprave. Kakovost vode iz Vipave je tako v zadnjih letih po podatkih Agencije RS za okolje (Arso) dobra in primerna tudi za različne rekreativne dejavnosti. Tega se veselijo v občinah, skozi katere teče reka, kjer že načrtujejo nekatere rekreativne in turistične dejavnosti.
Na Vipavi sta dve merilni mesti, kjer preverjajo kakovost vode, in sicer pri Velikih Žabljah in pri Mirnu. Struga reke, po kateri je dobila ime Vipavska dolina, je bila sicer v 80. letih prejšnjega stoletja v večjem delu toka umetno preoblikovana, ob regulacijah so njene vijugaste zavoje na več mestih zravnali.
Reka je v zadnjih letih stična točka treh projektov z namenom izboljšanja pogojev življenja v Vipavski dolini. Občine v dolini si v okviru projektov Grevislina in VIPava prizadevajo za nove turistične pridobitve in izboljšanje poplavne varnosti, saj reka pogosto poplavlja.
Na območju Vipavske doline je v okviru projektov med drugim predvidena vzpostavitev tematske učne poti, vključno z novo brvjo čez Vipavo v Dornberku. Na robu gozda Panovec v Novi Gorici pa obnavljajo močvirni travnik, kjer živi močno ogrožena populacija metulja strašničin mravljiščar.
