Direktorja javne agencije imenuje in razrešuje ustanovitelj na predlog sveta javne agencije na podlagi javnega natečaja v skladu s pogoji in kriteriji, določenimi z zakonom in ustanovitvenim aktom. Direktor je imenovan za dobo petih let in je lahko ponovno imenovan.
Agencijo je sedaj trenutno vodil Stanislav Primožič. Vlada ga je na mesto v. d. direktorja imenovala 24. maja po tistem, ko je dotedanjo direktorico Andrejo Čufar razrešila s funkcije. Predlog za sporazumno predčasno razrešitev je sicer podala sama.
