Kot smo že poročali, zoper Boškovića sicer teče kazenski postopek zaradi zlorabe položaja ter poneverbe in neupravičene uporabe tujega premoženja. Srbsko pravoslavno cerkev naj bi namreč oškodoval ob gradnji kulturno-pastoralnega centra, in sicer s tem, da naj bi s cerkvenim denarjem in s podjetji, ki so delala za cerkev, gradil svojo lastno hišo, ob tem pa naj bi neupravičeno za lastne potrebe uporabljal še avto, telefon, si naročal časopise in podobno. Nepravilnosti je sicer naznanil Boškovićev naslednik na mestu paroha Željko Lubarda, ki pa so ga kasneje iz cerkve odstavili, cerkev se je postavila na stran Boškovića, ta pa je spet zasedel prejšnji položaj. To sojenje se sicer že dlje časa vleče na ljubljanskem okrožnem sodišču.
Po podatkih Dela pa so preiskovalci na podlagi zakona o odvzemu premoženja nezakonitega izvora našli pri parohu in z njim povezanimi osebami za kar 800 tisočakov nepojasnjenega premoženja. Bošković bo moral, če bo prišlo do sodnega procesa, zaradi »obratnega dokazovanja« dokazati, da je to premoženje res sam zaslužil.
