Njegovo moštvo je sestavljalo 28 komisarjev, ki so jih v Bruselj predlagale države članice. Naloga komisije je, da predlaga zakone in nadzoruje, da se ti uresničujejo. V procesu sprejemanja evropske zakonodaje naj bi bila enakovreden partner evropskemu parlamentu in šefom držav, a so v kriznih časih večino ključnih odločitev in dogovorov v resnici sprejemali slednji.
Že leta 2004, ko je bil izvoljen prvič, je bil Barroso kompromisna rešitev in ne prva izbira, toda kot konservativni politik, ki je od leta 2002 do 2004 vodil portugalsko vlado, je prihajal iz prave politične skupine. Nemčiji in Franciji tedaj ni uspelo ustoličiti Guya Verhofstadta, liberalnega ministrskega predsednika Belgije, konservativnim šefom držav pa je spodletelo s kandidaturo Britanca Chrissa Pattena.
V parlamentu je 22. julija 2004 za Barrosa glasovalo 413 poslancev, 251 jih je glasovalo proti, 44 se jih je vzdržalo in 24 jih ni oddalo svojega glasu. Pred tem so se zanj zavzeli nekateri mogočni evropski politiki, med njimi kanclerka Angela Merkel, ki je podpirala tudi njegovo ponovno izvolitev pet let kasneje. Račun velikih, da bi na čelo komisije postavili ne prav močnega kandidata, tak bi jim namreč lahko začel mešati štrene in odvzemati moč za krmilom Unije, se je izšel. Barroso je v veliki meri ustrezal tem predstavam.
Brez odločne roke z malce samoljubja
Ko je bil leta 2009 izvoljen še za en mandat, so socialdemokrati, socialisti in zeleni napovedali, da ga ne bodo volili, in kritizirali, da se je s politiko deregulacije, ki jo je podpiral, in zaradi njegovega počasnega odziva finančna kriza v Evropi še zaostrila. Še danes mu njegovi kritiki očitajo, da se izogiba konfliktom, da je neodločen in ne ravno prodoren. Najostrejši dodajajo še, da je malce samoljuben.
Še posebno v časih finančne krize je bil Barroso preveč obotavljajoč, kar so izkoristili šefi držav, predsednik komisije pa je postal igrača v njihovih rokah. Komisija je bila tako pogosto politično potisnjena ob stran, res pa je, da bi komisija sama, torej brez dejavne in odločne politike šefov držav, le stežka prekrmarila skozi krizo. Barroso ni bil človek, ki bi komisijo in tudi Evropsko unijo vodil z odločno roko, temveč je bil prej posrednik in mediator med različnimi interesi najmočnejših članic EU, ki so tudi v prelomnih časih prepogosto odločali in ravnali predvsem v skladu s svojimi nacionalnimi interesi. Ob takšni druščini je Barrosova zasluga zagotovo ta, da je Evropska unija ostala v teku in se šefi držav niso povsem razšli. Po drugi strani šef komisije ni bil politik, ki bi delo komisije zaznamoval z novimi dobrimi idejami, posebno zavzetostjo in žarom. V Bruslju se je v zadnjih desetih letih res marsikaj zgodilo, a le malo korenitih sprememb gre na račun predsednika evropske komisije.
V času obeh njegovih mandatov se je število držav članic skoraj podvojilo, s 15 na 28 članic. Leta 2004 je v Evropsko unijo poleg Češke, Madžarske, Poljske, Slovaške, Litve, Latvije, Estonije, Cipra in Malte vstopila tudi Slovenija. Tri leta kasneje sta jim sledili Romunija in Bolgarija, Hrvaška je postala članica lani poleti. Za šest novih članic se je razširila skupina držav s skupnim denarjem in evro je zdržal kljub hudi finančni krizi, ki je Unijo zajela leta 2007. Eden pomembnih dosežkov tega obdobja je lizbonska pogodba, pravni temelj Evropske unije je začel veljati leta 2009.
Širitve Unije – pravilna odločitev
Na svoji zadnji tiskovni konferenci preteklo sredo je Barroso zagovarjal širitve Unije in zavračal očitke o prenaglem sprejemu Bolgarije in Romunije v evropsko družino držav z argumentom, da bi se verjetno v nasprotnem primeru letos ne pogovarjali le o krizi v Ukrajini, temveč tudi v Bolgariji ali pa v baltskih državah. Ne držijo tudi očitki, da se je z 28 članicami odločati težje kot le s petnajstimi, trdi Barroso – včasih so stare članice precej bolj trmoglave kot nove in je pot do odločitev bolj zapletena zaradi njih in ne zaradi tistih, ki so se Evropski uniji pridružile v zadnjih širitvah.
Barroso drugače kot njegovi kritiki trdi, da je komisija pod njegovo taktirko dosegla veliko. »Na noge smo postavili daleč najbolj ambiciozen program za zaščito ozračja na svetu, temeljito smo reformirali pravila za delovanje bank in z Evropskim mehanizmom stabilnosti ustvarili stalen finančni požarni zid,« je dejal odhajajoči šef komisije. Kljub odporu nekaterih evropskih prestolnic je začela delovati bančna unija, še pred nekaj leti si je bilo to skoraj nemogoče predstavljati.
Na vprašanje, kaj bo počel v prihodnje, je Barroso odgovoril, da si je po 30 letih v nacionalni, evropski in globalni politiki najprej zaslužil malce premora. Zatem ga čaka nekaj konferenc in predavanj na univerzi v Bruslju, o tem, kakšno bo njegovo politično življenje za tem, pa 58-letni portugalski politik še ni sprejel končne odločitve. Na vprašanje novinarjev, ali se bo potegoval za mesto generalnega sekretarja Organizacije združenih narodov, te možnosti ni zanikal. Drugi mandat Ban Ki Moona se izteče konec leta 2016.
