Njegovi stranki Združeni za Makedonijo na volitvah junija 2011 kljub temu ni uspel preboj v parlament. Boškovski je bil v preteklosti obtožen tudi pred haaškim Mednarodnim sodiščem za vojne zločine na območju nekdanje Jugoslavije, a so ga maja 2010 oprostili.
Haaško tožilstvo ga je bremenilo, da kot notranji minister leta 2001 med oboroženim konfliktom v Makedoniji ni storil vsega, kar je bilo v njegovi moči, da bi preprečil umor šestih albanskih civilistov, in da ni kaznoval policistov, ki so zagrešili zlorabe civilistov, navaja avstrijska tiskovna agencija APA.
Boškovskega sedaj po poročanju makedonskih medijev bremenijo še udeležbe pri umoru julija 2001. Glede na obtožnico naj bi umor dveh moških zagrešili trije srbski državljani, ki so trenutno na begu. Med preostalimi obtoženimi pa naj bi šlo za več nekdanjih in tudi še aktivnih policistov, ki naj bi morilcem nudili podporo. V času zločina je bil Boškovski notranji minister.
