Svojo odločitev je sporočil osebno med slavnostno mašo v čast svojega imenovanja. Prve obtožbe na njegov račun so se pojavile v začetku decembra, vendar jih je Stanislaw Wielgus zavrnil in cerkvene oblasti celo prosil, naj jih proučijo. Cerkev je za to celo ustanovila posebno komisijo. BBC-jev poljski poročevalec David Willey je dejal, da je bil nadškof v zadnjem času deležen velikih pritiskov, še posebej, ko je cerkvena komisija ugotovila, da je v resnici sodeloval s tajno policijo. Kljub temu je odločitev za umik, ki jo je nadško sprejel tik pred zdajci, večino presenetila in povzročila urgentni sestanek med poljskim in vatikanskim cerkvenim vrhom.
Papež je Wielgusov odstop sprejel in prosil kardinala Jozefa Glempa, naj do nadaljnjega prevzame nadškofovske dolžnosti. Stanislaw Wielgus je priznal, da je imel stike s tajnimi agenti, zanikal pa je, da bi jim dajal kakršnekoli informacije o političnih zapornikih, ki jih je obiskoval. Stiki so trajali dve desetletji, začeli pa so se, ko je bil še študent.
Za Poljsko, kjer ima katoliška cerkev izjemno pomembno vlogo v javnem in političnem življenju, je bila afera precejšen šok. V eni od mnenjskih anket je kar tri četrtine vprašanih Poljakov menilo, da bi moral Wielgus odstopiti.
