Alternativno obliko določanja davčne osnove za plačilo davka od dohodkov pravnih oseb za posebno skupino zavezancev je uvedla sprememba zakona o davku na tonažo iz leta 2007. Po njem je posebna skupina zavezancev - pravne osebe, ki poslujejo z ladjami v mednarodni plovbi - dobila možnost, da lahko izbere, ali obračunati in plačati davek pavšalno glede na neto tonažo ladje in število dni poslovanja te ladje, to pa se potem pomnoži s splošno stopnjo davka od dohodkov pravnih oseb oz. na način, kot je to običajno za preostale družbe oz. pravne osebe.
Davek, določen na podlagi tonaže ladij, se šteje za državno pomoč, zato ga mora odobriti Evropska komisija. Prvič ga je odobrila leta 2009, zdaj je prižgala zeleno luč za njegovo desetletno podaljšanje. Argument Slovenije pri tem je, da želi s podaljšanjem zagotoviti boljše pogoje za razvoj pomorskega prometa, so sporočili iz Bruslja. Edini slovenski ladjar je sicer portoroška Splošna plovba, ki je v lasti nemške ladjarske družbe Peter Döhle.
Spremembe želeli potrditi že v času Cerarjeve vlade
Država se je za odobritev podaljšanja zavezala k vnovični spremembi zakona o davku na tonažo, da bi posodobila določbe o dohodku iz poslovanja in obdavčitvi ladjarskih družb. Spremembe naj bi uvedla do konca leta 2019. Čeprav spremembe še niso sprejete, bo podaljšanje sistema davka na tonažo veljalo s 1. januarjem 2019, finančni učinek sistema pa naj bi ostal pri malenkost več kot 3,5 milijona evrov letno.
Slovenija je sicer želela zakonske spremembe potrditi že v času prejšnje vlade pod vodstvom Mira Cerarja, a se je zalomilo v DZ. Vlada je predlog zakonskih sprememb sprejela novembra 2017, vendar DZ predloga na marčnem glasovanju ni sprejel.
Obstoječi zakon med drugim določa, da se dohodki od prodaje ladij, ki so vključeni v sistem davka na tonažo, v roku petih let od prodaje porabijo za nakup ene ali več ladij oz. ladjarske družbe ali deleža ladjarske družbe. V nasprotnem primeru jih mora po poteku tega obdobja vključiti v obračun davka od dohodkov pravnih oseb.
