Bošković se je v kazenskem postopku zagovarjal zaradi očitkov tožilstva o domnevni zlorabi položaja oziroma o nepravilnostih pri gospodarski dejavnosti med gradnjo ljubljanskega kulturno-pastoralnega centra in očitkov o nadaljevanem kaznivem dejanju poneverbe, ker naj bi z računa verske skupnosti poravnaval zasebne račune. Julija 2017 je prvostopenjsko sodišče Boškovića v pretežnem delu oprostilo obtožb državnega tožilstva, in sicer glede očitkov, da si je prisvojil del donacij, ki jih je SPC v Sloveniji prejel za začetek gradnje kulturno-pastoralnega centra za vernike v Ljubljani in si s tem denarjem gradil stanovanjsko hišo.
Tožilstvo je parohu SPC očitalo, da je izvajalcem del izstavljal lažne račune oziroma da so bila plačila dvojna. Bošković naj bi po mnenju tožilstva tako imel okoli 173.000 evrov protipravno pridobljene premoženjske koristi. Kot so zapisali pri časniku, se je sodišče sicer strinjalo s tožilstvom, da je bila listinska dokumentacija o izvedenih delih pomanjkljiva in se ni vodila ustrezno, a je menilo, da so bila dela res opravljena.
Tožilstvo je nato višje sodišče prepričevalo, da je prvostopenjsko sodišče zavzelo napačno stališče tudi glede tega, ali je SPC sploh opravljal gospodarsko dejavnost, v okviru katere bi bilo mogoče storiti kaznivo dejanje zlorabe položaja. Okrožno sodišče je namreč izrazilo mnenje, da gradnja kulturno-pastoralnega centra namreč ni pridobitna dejavnost. Mnenje tožilstva je po drugi strani, da je gospodarska dejavnost vsaka dejavnost, pri kateri so predvidena plačila.
Višje sodišče se je sicer strinjalo z mnenjem tožilstva, da gre za gospodarsko dejavnost, a ocenilo, da ni dovolj dokazov o zlorabi položaja, zato so oprostilno sodbo za ta del očitkov potrdili in je pravnomočna, so zapisali pri Delu.
Bo pa moralo okrožno sodišče ponovno odločati o očitkih, ki Boškovića bremenijo poneverbe. Okrožno sodišče ga je takrat spoznalo krivega poneverbe oziroma protipravne prilastitve denarja, ki ga je porabil za zasebne namene, saj naj bi zase in za svojo družino v obdobju od 25. januarja 2007 do 27. decembra 2011 plačeval račune, ki jih ne bi smel - dopolnilno zavarovanje zase in družinske člane, račune za telefon, življenjsko zavarovanje, kabelsko televizijo ter mobilni telefon. Okrožno sodišče je takrat sicer presodilo, da je pregon za določene račune, nižje od 500 evrov, zastaral.
Višje sodišče se s tem ne strinja in je izrazilo mnenje, da je prvostopenjsko sodišče določene račune neupravičeno štelo za zastarane. Sodbo je posledično v tem delu razveljavilo in z napotki vrnilo v novo sojenje. Kdaj se bo to začelo, zaenkrat še ni znano, je še poročalo Delo.
