Samuraj je zgodovinski roman, ki temelji na resnični osebi, samuraju nižjega ranga Hasekuti Rokuemonu, ki je živel na prelomu med 16. in 17. stoletjem in je bil član japonske odprave, ki je odšla v Novo Španijo (tedanja španska kolonija, ki je obsegala današnji jug ZDA, Mehiko in Srednjo Ameriko), od tam v Španijo in vse do Rima; po neuspehu pa po isti poti nazaj. Skupina japonskih odposlancev se je na dolga leta trajajočo pot odpravila po ukazu svojih gospodarjev in z obljubo, da bodo po vrnitvi nagrajeni z nekoč odvzeto zemljo. Zamisel o poti pa je bila spletka frančiškana Velasca, prav tako resnične zgodovinske osebnosti, ki je skušal z obljubo trgovinskega sporazuma med Japonsko in Španijo ustaviti izgon katoliških duhovnikov iz Japonske.
Na eni strani imamo torej lik samuraja, ki živi skromno življenje podeželskega kmeta, a v družini še vedno žge krivica zaradi odvzetega posestva, pot čez ocean pa naj bi to krivico popravila, na drugi strani frančiškana, gorečega, pretkanega manipulatorja, ki v obsedenosti s širjenjem vere igra hudičevo igro lažnih obljub na obeh straneh, na japonski in španski. V ponižnost in neizmerno potrpežljivost vzgojen samuraj, ki ne ve ničesar o politiki in trgovanju, skupaj z drugimi člani odprave doživlja strahote potovanja po morju, puščavi, kulturne pretrese, ponižanja in bolezni, vse, da bi izpolnil gospodarjev ukaz. Četudi je Japoncem že ob prihodu v Novo Španijo jasno, da jih nihče nima za resne politične zastopnike, molče sprejmejo spreobrnitev v katolištvo japonskih trgovcev, ki naj bi jim omogočila trgovanje. Odposlanci nato nadaljujejo pot čez Atlantik v Španijo, kjer ravno tako ne opravijo nič, in kjer se zaradi obljube, da bo zadevo uredil papež, stisnjenih zob tudi oni pokristjanijo. Zaman. V Rimu jih papež ne sprejme, saj ravno v tistem času na Japonskem pride do novega obračuna s katoliki. Čaka jih le naporna pot nazaj, doma pa jih, ker so se v letih njihove odsotnosti politične razmere spremenile, kaznujejo z odvzemom vseh privilegijev, Velasca, ki se jim znova pridruži, pa usmrtijo.
Endojev roman ni zanimiv le zaradi malo znanih zgodovinskih dogodkov, ampak je predvsem izvrsten opis dveh diametralno nasprotnih filozofsko-religioznih eksistencialnih leg, vzhodne, ki temelji na trdni hierarhiji, poslušnosti in časti, ter zahodne, ki z ekonomskim in verskim kolonializmom z mečem in križem podjarmlja in pobija ljudstva, in kjer je tudi najpodlejša prevara, da je le v imenu Boga, legitimna. Hkrati pa odpira tudi vprašanje verovanja. Če se Hasekuta dolgo čudi zahodni kulturi, ki časti tega grdega, na žebljih visečega shiranega človeka, ga v trenutkih globoke stiske po vrnitvi kdaj prešine, da ta revež na križu vendarle nagovarja tudi njegovo trpljenje. Ali je vsiljeno vero res vzel za svojo, ni jasno, a zgodovinski viri pričajo, da so pozneje zaradi krive vere usmrtili njegovega sina.
