V sezoni 2012/13 je MacKinnon igral za ekipo Halifax Mooseheads in z njo osvojil naslov prvaka v mladinski konkurenci lige Quebeca ter tudi pokal Memorial za najboljše mladinsko moštvo v Severni Ameriki. V 44 tekmah je zbral 32 golov in 75 podaj.
"Njegova prisotnost bo v ekipo prinesla dodatno moč in hitrost, z igro pa bo navduševal naše navijače," je ob sklenitvi pogodbe, z obetavnim igralcem so v Denverju sklenili triletno sodelovanje, dejal nekdanji zvezdnik tega moštva Joe Sakic, zdaj izvršni podpredsednik kluba.
MacKinnon je prvi hokejist, ki ga je kot prvega na naboru izbralo moštvo Colorado Avalanche, odkar se je klub leta 1995 preselil iz Quebeca.
