Druga ključna točka je po besedah Rebolja ohranjanje avtonomije univerz. Zato so se rektorji vseh štirih slovenskih univerz zavzeli za novo ureditev, po kateri bi univerze same akreditirale svoje študijske programe. Danes postopki, ko se študijski programi potrjujejo na Nacionalni agenciji za kakovost visokega šolstva (NAKVIS), tečejo predolgo, zato univerze niso zainteresirane za spremembe, ki pa so nujne za izpopolnjevanje študijskih programov, je pojasnil Rebolj.
Rektorji so se danes zavzeli tudi za "doslednejše" financiranje nakupa literature in drugega gradiva ter se strinjali glede tesnejšega sodelovanja z Evro-sredozemsko univerzo (EMUNI), "ki je pomemben most med univerzami v Sloveniji in mediteranskem prostoru". Prav tako so se zavzeli za uvedbo skupne študentske izkaznice, ki bi omogočala enotno identifikacijo vseh slovenskih študentov in bila veljavna tudi v tujini.
V skladu z načrtovano spremembo sistema habilitacij so se dogovorili za medsebojno priznavanje nazivov ob začasnih gostovanjih profesorjev z ene na drugi univerzi. Podprli so tudi predlog Univerze v Novi Gorici za ustanovitev Etične komisije za vedenjske raziskave. Na novinarski konferenci po sestanku se je glede na pretekla dejanja desnosredinske vlade pojavilo tudi vprašanje glede ustanavljanja novih univerz v Sloveniji. Rektorji univerz v Mariboru, Ljubljani, Novi Gorici in na Primorskem so bili soglasni, da je pri tem nujno treba ohraniti kakovost slovenskega visokega šolstva ter zagotoviti, da javne univerze zaradi tega ne bodo utrpele finančnih posledic.
"Število univerz ni pomembno. Pomembno je, da so kakovostne in izvozno usmerjene," je dejal rektor primorske univerze Dragan Marušič. Rektor ljubljanske univerze Radovan Stanislav Pejovnik pa je poudaril, da so javne univerze v Sloveniji že sedaj mnogokrat v slabšem položaju kot zasebne. "Koalicijske pogodbe nove vlade ne moremo komentirati. Bi pa rad opozoril, da mora biti dostop do javnih sredstev enak za vse," je dejal.
