Litvinenko, kritik Kremlja, ki je živel v Veliki Britaniji in imel britansko državljanstvo, je novembra 2006 zaradi zastrupitve z radioaktivnim polonijem umrl v Londonu. Tožilstvo v nemškem Hamburgu je v povezavi z njegovo smrtjo zaradi suma nezakonitega ravnanja z radioaktivno snovjo konec leta 2006 sprožilo preiskavo proti Kovtunu.
Slednjega so zaradi izpostavljenosti radioaktivnosti zdravili v eni izmed moskovskih bolnišnic. Nemške oblasti pa so poleg tega na različnih lokacijah v Hamburgu, kjer se je Kovtun ustavil pred srečanjem z Litvinenkom v Londonu, našle sledi radioaktivnega polonija. Kovtun je zanikal, da je imel karkoli opraviti z radioaktivno snovjo.
Britanski preiskovalci so sicer za glavnega osumljenca v primeru Litvinenkove smrti imenovali agenta nekdanje sovjetske obveščevalne službe KGB Andreja Lugovoja, a Rusija zavrača njegovo izročitev.
Primer je zaostril odnose med Veliko Britanijo in Rusijo, še posebej po tem, ko je Litvinenko v pismu pred smrtjo za svoj umor obdolžil tedanjega ruskega predsednika Vladimirja Putina.
