Janez Rugelj se je rodil 17. julija 1929 v Brezovici pri Mirni na Dolenjskem. Tam je končal osnovno šolo in bil od leta 1942 vključen v narodnoosvobodilni boj, najprej kot ilegalni partizanski kurir. Po izpustitvi iz italijanskega zapora je odšel v partizane in tam se je začela njegova poklicna pot.

Ker je bil neomajen v svoji želji po izobraževanju, so mu leta 1958 v jugoslovanski vojski dovolili, da se je vpisal na medicinsko fakulteto v Sarajevu. Končal jo je leta 1962 v Ljubljani. Med študijem je bil dejaven tudi v študentskem življenju in bil predsednik Zveze študentov Univerze v Ljubljani.

Specializacijo iz nevropsihiatrije je v Ljubljani končal leta 1967. Kot vojaški psihiater je predlagal korenito reorganizacijo vojaške psihiatrije. Ker njegov predlog ni bil sprejet, se je leta 1970 demobiliziral in nastopil službo na Psihiatrični kliniki v Ljubljani. V letih od 1969 do 1971 se je izobraževal pri svojem velikem vzorniku Vladimirju Hudolinu v Zagrebu, ki je razvil svojo, na svetu najuspešnejšo metodo zdravljenja alkoholikov. Pri njem je leta 1979 tudi doktoriral.

Kot vodja oddelka centra za zdravljenje alkoholikov na Škofljici je Rugelj leta 1971 vpeljal natančno kopijo Hudolinovega celovitega socialnopsihiatričnega zdravljenja alkoholikov. Leta 1974 so ga s tega mesta suspendirali in nekaj časa je delal kot tradicionalni psihiater. Svojega entuziastičnega in inovativnega dela pa ni prekinil.

Ilegalno je v tednu dni ustanovil štiri dispanzerske skupine zdravljenih alkoholikov. S pomočjo sodelavcev na terenu je ustanovil okoli sto tovrstnih klubov po Sloveniji. V njih je delalo okoli dvesto terapevtov in bilo zajetih več kot dva tisoč zdravljenih alkoholikov. Kljub nadvse uspešnemu delu je moral klube zaradi pritiskov tradicionalne psihiatrije razpustiti, vendar svoje terapevtske poti ni zapustil. Razumevanje in podporo za svoje delo je Rugelj končno našel na Inštitutu za varovanje zdravja RS.

Leta 1995 je prešel med zasebne zdravnike. Zaradi bolezni se je septembra lani upokojil, po 62 letih delovne in petih letih beneficirane dobe.

Rugljevo delo je pomembno in enkratno predvsem zato, ker je razvil izvirno socialnoandragoško metodo obravnave alkoholikov in drugih ljudi v stiski. Z njo je preusmeril delo z alkoholiki v Sloveniji in številnim ponudil možnost dviga z življenjskega dna (možnost vzgoje in prevzgoje) z raznimi vzgojno-terapevtskimi sredstvi (redna jutranja telovadba, vztrajnostni tek, branje, pisanje, izobraževanje in osebnostna preobrazba). Naslednika za svoje delo žal ni našel.

Samo Rugelj je pojasnil, da je njegov oče Janez umrl po daljši bolezni.