Knoblehar, ki se je kot 17-letni mladenič navdušil za misijonsko delo, ko je v Novem mestu poslušal Friderika Barago, je prvič prišel v Kartum, kjer se stekata Beli in Modri Nil, februarja 1848 v mednarodni skupini petih misijonarjev. Nekaj mesecev pozneje je umrl njihov vodja in Knoblehar je prevzel njegov položaj. V začetku leta 1849 je na svojem prvem potovanju v prostrana močvirja prišel 1500 kilometrov južno od Kartuma na območje črnskega plemena Barijcev, vse do Gondokore, otoka na Nilu, kjer je takrat stala samo utrdba, v kateri so Arabci in Turki stražili nalovljene črne sužnje. Sam Knoblehar je kupoval zasužnjene otroke in jih vključeval v svoje misijone. Kot pravi Tomo Križnar, je s tem tudi dvigoval ceno sužnjev in spodbujal lov nanje.
Leta 1853 je na Gondokori, kjer je danes Džuba, glavno mesto Južnega Sudana, ustanovil misijonski center, pri čemer je temnopolte domačine, ki so bili tedaj vpeti še v svoja starodavna verovanja, poskušal pridobiti z igranjem na harmoniko in predvsem vrečami poceni steklenih biserov.
Največ časa je preživel v misijonu v Kartumu, v katerem je bilo, kot pravi dr. Marko Frelih, prostora za kar tri tisoč ljudi. Zaradi urejene okolice z lepimi vrtovi in sadovnjaki, ki jih je uredil dunajski dvorni vrtnar in sadjar Andrej Hruška, poslan prav od mladega cesarja Franca Jožefa, je bil to najbolj imeniten kompleks zgradb v Kartumu. V misijon pa je vabil na večerje evropske popotnike in tudi ugledne muslimane iz Kartuma, kar so mu nekateri pozneje očitali.
Po krivici zapostavljen
Prek Knobleharjevih pisem, objavljenih v Zgodnji Danici, enem redkih takratnih slovenskih časopisov, so Slovenci sredi 19. stoletja morda več vedeli o Afriki kot danes. Vrhunec stika med tedanjimi slovenskimi deželami in osrednjo Afriko je bil prihod črnskih otrok na Kranjsko, kjer naj bi jih vzgojili v duhovnike in nune. A ta Knobleharjev načrt je propadel, ker so bile zime za njih prehude. Večina jih je umrla za pljučnico, druge so preselili v Neapelj.
Kmalu so propadli tudi Knobleharjevi misijoni, predvsem zaradi malarije, ki je bila tedaj v Sudanu usodna za večino Evropejcev. V 50. letih 19. stoletja je tako v Sudanu umrlo kar 15 slovenskih duhovnikov, najbrž pa tudi dvakrat več slovenskih obrtnikov (zidarjev, mizarjev, tesarjev, vrtnarjev, sadjarjev…). Končno je za malarijo v Neaplju aprila 1858 v starosti 38 let umrl tudi Knoblehar, ki je tedaj ravno priplul v Evropo, da bi prišel do novih sredstev za misijone in novih prostovoljcev, zlasti iz slovenskih dežel.
Tomo Križnar, ki gre včasih dobesedno, do neke mere pa najbrž tudi v prenesenem pomenu po Knobleharjevih stopinjah, meni, da se tega misijonarja in raziskovalca Afrike pri nas po krivici zapostavlja. Veliko bolj se slavi indijanskega škofa Friderika Barago. »Knoblehar je deloval v veliko težjih razmerah, saj je imel proti sebi ne samo najbolj zahtevno naravo in vse najhujše tropske bolezni, ampak tudi najbolj divje reakcije islamskih svetih bojevnikov,« pravi Križnar, ki tudi poudarja, da so tega velikega Slovenca častili vsi veliki britanski pustolovci in raziskovalci Afrike, tudi David Livingstone in Henry Morton Stanley.
