Ni natančno znano, od kod izvira, po imenu sodeč pa zgodovinarji gastronomije menijo, da izhaja iz Magreba, saj šakšuka v libijski arabščini pomeni mešanica, mešati, v berberščini pa celo označuje zelenjavni ragu. Ker ima šakšuka isti pomen tudi v hebrejščini, menijo, da poimenovanje izhaja iz starega punskega jezika, tako da bi bila tudi jed lahko iz časov punske naselitve Severne Afrike. Jed je razširjena od Tunizije, Libije, Alžirije, Maroka, Egipta do Izraela in Turčije.
V Izrael so jo v petdesetih letih 20. stoletja prinesli magrebski Judje. Toda magrebsko poreklo ni edina teorija o nastanku jedi. Nekateri zgodovinarji menijo, da je nastala v otomanskem imperiju in se skupaj z njim razširila vse do Španije, kjer jo pripravijo z dodatkom klobase. Obstaja pa tudi teorija, da je v resnici nastala v Jemnu, kjer jed pripravljajo s pekočo pasto iz zelenih čilijev. Za zelo začinjeno obliko pa je poskrbela indijska kuhinja, kjer je podobna jed paradižnikov kari.