Vilanova se že vse od novembra 2011 bori za rakom na obušesni žlezi slinavke. Ko je že kazalo, da je nekdanji pomočnik Josepa Guardioel zahrbtno bolezen premagal, se je ta vrnila. Sledili so novi operativni posegi in selitev v New York, kjer so ga čakale številna obsevanja in kemoterapija.
Mesto glavnega trenerja katalonske zasedbe mu je pripadlo v sezoni 2011/2012, a zaradi vse slabšega zdravstvenega stanja je bil lansko poletje prisiljen zapustiti klop Barcelone, nanjo pa je nato sedel aktualni trener Gerardo Martino.
Pri španski Marci so sicer zapisali, da Vilanova v bolnišnici že sprejema obiske svojcev, a je njegovo zdravstveno stanje navzlic temu zelo resno.
