Notranja nesoglasja so ljudsko univerzo začela razjedati jeseni 2012 po odhodu v pokoj dolgoletne direktorice Darje Kovačič (postopek njene upokojitve je pod drobnogled vzela občina). Na njeno mesto je bila kot vršilka dolžnosti imenovana računovodkinja Barbara Šmid, za direktorico pa se je na razpisu prijavila tudi zaposlena na področju izobraževanja Mateja Šmid, ki pa ni uživala podpore preostalih devetih zaposlenih na ljudski univerzi.
V nesoglasja znotraj kolektiva se je vpletel tudi svet zavoda, v katerem Mestno občino Kranj predstavljata Ana Pavlovski (SD) in mestna svetnica Vlasta Sagadin (NSi). Seje sveta pa so bile na koncu plod različnih interpretacij sklepov, ugotavljanja sklepčnosti in podobno. Zato je na koncu po številnih sporih in nesoglasjih vmes posegel še mestni svet in za vršilko dolžnosti imenoval Matejo Šmid, ki naj bi jo sicer po interpretaciji Ane Pavlovski potrdil tudi svet Ljudske univerze Kranj, kar pa so sedaj ovrgle ugotovitve inšpektorata za šolstvo in šport. Ta je ugotovil, da je bilo nezakonito tudi sporno imenovanje predstavnice slušateljev v svetu zavoda, prek katere naj bi si predstavniki občine želeli zagotoviti prevlado v svetu. Kot nam je zatrdila Ana Pavlovski, je svet ljudske univerze že razpravljal o obeh ugotovitvah inšpektorjev, a posledic na imenovanje Mateje Šmid za zdaj naj ne bi bilo. »Poskrbeli pa bomo za to, da bo nov razpis za direktorja potekal ustrezno in zakonito,« je zatrdila Ana Pavlovski.
Kranjski mestni svet je medtem spremenil tudi statut zavoda, tako da v svetu predstavnika slušateljev ni več. Obenem pa sta odstopili dosedanji članici sveta iz vrst zaposlenih, obe strokovni sodelavki. Svet zdaj sestavljajo predstavnici občine ter hišnik in tajnica, ki sta zapolnila izpraznjeni mesti zaposlenih in bosta tako soodločala o novem vodilnem človeku na čelu Ljudske univerze Kranj. Mestna politika ima v štiričlanskem svetu ljudske univerze tako prevlado, ker ob izenačenem glasovanju šteje več glas predsednice sveta Ane Pavlovski, in prav tak način delovanja sveta je bil vzrok za to, da sta dosedanji članici odstopili.