Za ministrico Jelušičevo sta sporni dve določili, tisto, ki prepoveduje zaposlovanje verskih uslužbencev v javnih ustanovah, in določilo, po katerem ti ne smejo nositi "znakov države". Zaposlovanje duhovnikov v Slovenski vojski (SV) je bilo že leta 2000 - v času premiera Drnovška in ministra Grizolda - s sporazumoma urejeno s katoliško in z evangeličansko cerkvijo, je povedala. Če bi zdaj zaposlovanje prepovedali, bi sporazuma enostransko spreminjali. Če verski uslužbenci ne bi smeli nositi znakov države, pa bi to pomenilo, da so nikogaršnji; s tem bi kršili mednarodno vojaško pravo. Ministrica je poslance pozvala, naj razumejo, da so vojaki v misijah v zelo težkem položaju in da je med njimi zelo veliko vernih; kako to vedo, ni povedala. "Ni prav, da ukinjamo službo, ki dobro deluje in ki nikogar ne moti," je bila jasna. Poudarila je tudi, da bi bila brez možnosti zaposlovanja duhovnikov kršena linija vodenja in poveljevanja, kajti le od verskih uslužbencev, ki so stalno prisotni, je mogoče pričakovati, da bodo spoštovali vojaško hierarhijo in disciplino in se udeležili vojaških usposabljanj doma in v tujini. Kasneje sta direktor in svetovalec vladnega urada za verske skupnosti, ki je novelo pripravil - Aleš Gulič in dr. Gregor Lesjak - pojasnila, da novela nikakor ne ukinja duhovne verske oskrbe v SV ali vojaškega vikariata. Po novem bo drugače le to, da bodo posvečene osebe, ki bodo vojakom nudile versko oskrbo, ko si te ne bodo mogli zagotoviti sami, zaposlene pri svojih verskih skupnostih, plačo pa jim bo država zagotavljala posredno. Podobno je to vprašanje urejeno tudi v Nemčiji. Pojasnila sta tudi, da novela verskim uslužbencem ne prepoveduje nositi znakov države, temveč "simbolov, ki označujejo državno oblast" (činov, značk in podobnega), kar je nekaj drugega. Ministrica teh pojasnil ni slišala, saj je po svojem nastopu sejo zapustila.
Na vprašanje poslancev, ali je ministrica predstavila uradno stališče vlade, je Jelušičeva odgovorila, da vlada ni sprejela uradnega stališča do predloga novele, jo je pa pooblastila, da odboru predstavi stališče MORS. Predsednik odbora Vinko Gorenak, SDS, je poslancem nato predlagal, naj obravnavo novele začasno prekinejo (kar so zavrnili), "da bodo lahko v koaliciji uskladili stališča o spornih členih novele". France Cukjati, SDS, je poudaril, da je nezaslišano, da vlada ni oblikovala stališča "o tako občutljivem zakonskem predlogu", ki verske skupnosti sovražno enači z društvi in debatnimi krožki. Po njegovem je predlog zelo nekakovosten, dokaz za to naj bi bilo tudi dejstvo, da verske skupnosti z novelo niso zadovoljne. Tako Gorenak kot Jože Jerovšek, SDS, sta dokazovala, da predlagatelje zakona vodijo izključno ideološki razlogi. Poslanci SD, LDS in Zares so nasprotno poudarjali, da želijo zakon le izboljšati v skladu z odločbo ustavnega sodišča, da imajo v mislih vse verske skupnosti, ne le največje, da javnofinančna pomoč verskim skupnostim ni človekova pravica in da je tudi ena od ustavnih sodnic v ločenem mnenju zagovarjala smotrnost oblikovanja novega zakona (Majda Potrata) ter da vsaka država ločitev cerkve od države ureja na svoj način (Darja Lavtižar Bebler).
