V junijskem izbruhu nasilja med Uzbeki in Kirgizi je umrlo okoli 200 ljudi, okoli 400.000 ljudi je zaradi nasilja zapustilo svoje domove. Med njimi jih je okoli 100.000 zbežalo v sosednji Uzbekistan.
Kirgiški tožilci pravijo, da imajo "prepričljive in nesporne dokaze", da je bil nekdanji predsednik Bakijev ključni organizator nemirov. Za mlajšega Bakijeva pa so navedli, da je aktivno sodeloval v nasilju. V mestu Oš naj bi ga opazili v oklepnih vozilih, osebno naj bi tudi razdeljeval orožje.
Kurmanbek Bakijev je bil z oblasti odstavljen aprila, ko so v Kirgizistanu izbruhnili protesti. Nova prehodna vlada je Bakijev klan obtožila, da je zatem spodbujal medetnično nasilje z namenom spodnesti novo oblast ter si zagotoviti nadzor nad južnim delom države. Ta je namreč pomembno območje za aktivnosti trgovine s heroinom, ki prihaja iz Afganistana. Odstavljeni predsednik, ki je v izgnanstvu v Belorusiji, je zanikal vpletenost v nasilje.
