Igralka je poročena s Freddiejem Prinzom Jr., zanjo pa je to prvi otrok. Par se je spoznal leta 1997 med snemanjem filma Vem, kaj ste zakrivili lansko poletje, oba pa sta zaigrala v obeh filmih o psu Scoobyju Dooju. Poročila sta se leta 2002.
Freddieja Prinza Jr. bo kmalu možno videti v televizijski drami Kieferja Sutherlanda 24. Gellarjeva pa je pravkar konačala s snemanjem HBO-jevih serij The Wonderful Maladys, ki jih bodo v Združenih državah Amerike predvajali naslednje leto.
