Takoj ko so Wagnerja predlagali za povišanje v škofa, 31 od 39 dekanov v linški dekaniji ni podprlo Wagnerjevo napredovanje, kar je sprožilo plaz kritik s strani Avstrije na račun Benedikta XVI. Papežu so tako dekani kot avstrijski škofje očitali, da se o Wagnerjevem povišanju v škofa ni z njimi posvetoval.
Wagner je sicer znan po svojih kontroverznih izjavah v preteklosti, med drugim tudi po izjavi o orkanu Katrini, ki naj bi bil Božja kazen za grehe prebivalcev New Orleansa. Duhovnik je knjige o Harryju Potterju označil za satanistične, dejal, da je homoseksualnost ozdravljiva in prepovedal vstop ministricam v njegovo cerkev.
Papeževe slaba odločitev glede povišanja Wagnerja je prišla v času, ko kritiki njegovo vodenje cerkve označujejo za preveč konzervativno in zaprto. Januarja so papeža kritizirali zaradi umika ekskomunikacije štirim duhovnikom, med drugim tudi Richardu Williamsonu, ki je znan po zanikanju obstoja holokavstva in plinskih celic.
Katoliška cerkev v Avstriji se sooča z visokim padcem števila vernikov, zato je bil dunajski kardinal Christoph Shoenbron zaradi Wagnerja prisiljen sklicati nujni sestanek z avstrijskimi škofi. Preklic povišanja s strani papeža pa jih je nato še toliko bolj razburil.
Aferi v zvezi z Williamsonom in Wagnerjem sta podžgali skrbi, da papež cerkev vodi preveč zaprto in da slednja postaja vse bolj konzervativna. Vatikan se z odpravljanjem krize ukvarja že od januarja, ko je afera z Williamsonom pristala na naslovnicah svetovnih medijev. Benedikta XVI. paje takrat kritizirala tudi nemška kanclerka Angela Merkel.
