Kot v Assassin's Creed II, se boste tudi tokrat, s pomočjo animusa, spustili globoko v genski spomin Desmonda Milesa in podoživeli naslednje krvavo poglavje v življenju njegovega hašašinskega prednika Ezia Auditoreja. Zgodba vas bo tokrat popeljala v Rim ob prelomu v 16. stoletje, vaši nasprotniki pa bodo Cesare Borgia in, kot vedno, templjarji.
Zanimiv dodatek pri Brotherhoodu pa je tudi večigralski način, ki vam omogoča, da svoje znanje igre primerjate z drugimi igralci preko spleta v šestih različicah igre mačke z mišjo. Vaša naloga je, da odkrijete in ubijete svojo tarčo, preden nekdo drug odkrije in ubije vas.
