Računsko sodišče je razkrilo napake pri izkazovanju odhodkov v bilanci prihodkov in odhodkov v višini 2,4 milijarde tolarjev, pri tekočih odhodkih in investicijskih odhodkih pa izredno veliko napak. Zlasti pomembne so po mnenju računskega sodišča nepravilnosti v višini nekaj nad 203 milijone tolarjev. Pomemben delež tekočih in investicijskih odhodkov ter pomemben delež tekočih transferjev je bil v nasprotju s predpisi.

Ministrstvo je z Ekonomskim inštitutom Pravne fakultete sklenilo pogodbo za izvedbo projekta "Razširitev makroekonomskega položaja ekonometričnega energetskega modela Slovenije v model splošnega ravnotežja" brez javnega razpisa po zakonu o javnih naročilih in nepravilno izplačalo 6,2 milijona tolarjev. Nepravilnosti mimo javnega razpisa v višini 4 milijone tolarjev pa so bile ugotovljene tudi pri "raziskavi za spremljanje konjunkturnih gibanj in pripravo tekočih raziskovalnih analiz. Senat II ni podvomil o kakovosti raziskav in strokovni usposobljenosti izvajalcev, odprto pa ostaja vprašanje cene storitve. Prav tako brez javnega razpisa je bila sklenjena pogodba z NLB d.d. za finančno spremljavo naložb v višini 35 milijonov tolarjev, sodišče pa meni, da je bilo nekaj nad 6 milijonov tolarjev napačno izplačanih.

Priviligirani Directrix

Podjetje Directrix d.o.o. Ljubljana je ministrstvu februarja 1999 izstavilo račun za vzdrževanje informacijskega sistema v višini skoraj 800.000 tolarjev. Leto pred tem je ministrstvo z omenjenim podjetjem brez javnega razpisa sklenilo pogodbo za 8 milijonov tolarjev bruto letno za nedoločen čas. Isto podjetje je od ministrstva prejelo 1,4 milijona tolarjev za "izdelavo analize implementacije direktiv za tekstil v državah članicah EU" na podlagi aneksa k pogodbi, kar je bilo po mnenju Računskega sodišča neupravičeno in negospodarno. Podjetje Directrix je registrirano za poslovno in ekonomsko svetovanje, septembra leta 1997 pa ga je ustanovila V. B., tajnica nekdanje generalne sekretarke ministrstva. Podjetje je imelo leta 1998 brez zaposlenih 34 milijonov tolarjev prihodka, od tega je 19 milijonov realiziralo s poslovanjem z ministrstvom. Leta 1999 pa je realizacija znašala z enim zaposlenim 45 milijonov tolarjev, 28 milijonov tolarjev pa je podjetje ustvarilo s sodelovanjem z ministrstvom. V prijavi za javni razpis je podjetje navedlo, da bosta pri projektu sodelovala še Ž. T., mož nekdanje generalne sekretarke oziroma državne sekretarke, in uradna prevajalka, žena predsednika strokovne komisije, ki je vodila postopek javnega razpisa. Za izvedbo omenjene ponudbe je ministrstvo objavilo javni razpis za izbiro izvajalca s predhodnim ugotavljanjem sposobnosti za harmonizacijo tehničnih predpisov za področje ministrstva, za kar je bilo predvidenih 70 milijonov tolarjev. Z desetimi ponudniki je bilo sklenjenih 21 pogodb, kar pri 13 pa je sodišče ugotovilo nepravilnosti, ker ni bilo pozivov za oddajo ponudb niti bančnih jamstev.

Nezakonito financiranje ekspertiz

S podjetjem Modri val d.o.o. Izola je ministrstvo februarja 1999 sklenilo pogodbo v višini 3,8 milijona tolarjev za pripravo elaborata "zasnova informacijskega sistema za podporo pri odločanju MGD". Pogodba je bila oddana s sklepom ministra 15. februarja 1999 brez javnega razpisa. Za sofinanciranje ekspertiz je ministrstvo sicer izvedlo javni razpis, na katerega pa se podjetje Modri val ni prijavilo, njegova ponudba pa je bila zelo skopa in se med drugim glasi: "V študiji nameravam predstaviti, kateri podatki so za MGD relevantni, kako jih izbrati in kako do njih priti". Izplačilo ni bilo skladno s predpisi.

S podjetjem Sinergija d.o.o. Celje je ministrstvo za izvedbo projekta "analiza potreb in prioritet slovenskih podjetij iz predelovalne dejavnosti in gradbeništva za nastop ali izboljšanje položaja na trgih vzhodnega dela Nemčije, s poudarkom na deželi Thuringen, ter priprava na izvedbo prvega poslovnega srečanja s podjetji dežele Thuringen" s sklepom ministrice brez javnega razpisa sklenilo pogodbo za 4,6 milijona tolarjev, kar ni bilo v skladu s predpisi.

Pri tekočih transferjih je ministrstvo obveznosti in izplačila, ki so nastala v letu 1998 v višini 75 milijonov tolarjev, preneslo v naslednje leto. Računsko sodišče je v primeru dodelitve subvencije občini Nazarje odkrilo neenakopravno obravnavanje prosilca za javno razpisana proračunska sredstva. Nekateri investicijski odhodki ministrstva niso bili skladni s predpisi. Ministrstvo je s pogodbo znesek, ki je bil namenjen dvema projektoma, v celoti dodelilo le za projekt izgradnje odlagališča metalurške žlindre, in sicer 20 milijonov tolarjev več, kot je bilo za ta namen določeno v proračunu. Dve izplačili MPI Mežica pa je ministrstvo plačalo še pred pogodbenim rokom. Pri investicijskih transferjih (646 milijonov tolarjev) in danih posojilih ter povečanju kapitalskih naložb (nekaj nad 5 milijard tolarjev) računsko sodišče ni ugotovilo nobenih napak.