Leta 1786 so z dekretom cesarja Jožefa II. tedanji samostan na sedanji Ajdovščini v Ljubljani preuredili v splošno bolnišnico z dvema oddelkoma za "blaznike". Leta 1821 se je izkazalo, da je treba bolnišnico razširiti zaradi naraščanja števila bolnikov, tudi duševno motenih. Že 1841 je prišlo do zamisli, da bi se zgradila posebna bolnišnica za duševno bolne in sicer nekje v bližini Ljubljane, piše na spletni strani klinike.
Potem ko je leta 1875 v kranjskem deželnem zboru Karol Bleiweis - vitez Trsteniški govoril o "blaznicah (norišnicah), kakršne morajo biti", je ponovno oživela pobuda za gradnjo psihiatrične bolnišnice. Kupili so Krisperjevo posestvo na Studencu v Polju (v vasi Studenec), ki je bilo nekdaj živalski vrt knezov Auerspergov.
Tretjega januarja 1881 je bila tako uradno odprta prva slovenska bolnišnica za duševne bolezni v mejah sedanje Slovenije z imenom Kranjska deželna blaznica Studenec. Že pred uradno otvoritvijo (decembra 1880) pa so v bolnišnico naselili 22 moških in 26 ženskih "dušnih bolnikov".
Tik pred drugo svetovno vojno je imela bolnišnica 472 postelj na Studencu, 398 postelj na Poljanskem nasipu in 120 postelj v zavetišču sv. Jožefa. Tedaj je bila v Sloveniji le še ena bolnišnica, v Novem Celju, s 380 posteljami.
Po vojni je bolnišnica večkrat spreminjala svoje ime, od Bolnišnice za duševne in živčne bolezni, preko Univerzitetne psihiatrične bolnišnice do sedanje Psihiatrične klinike Ljubljana (1998).
Leta 2001 so na Studencu dogradili novo, najsodobnejšo bolnišnico za intenzivno psihiatrično zdravljenje. Leto kasneje so dogradili (z adaptacijo bivšega vojaškega psihiatričnega oddelka na Zaloški 29) novo bolnišnico, v kateri deluje Center za zdravljenje odvisnih od prepovedanih drog.
