Po navedbah Pentagona obtožnica obtožene v 2976 točkah, kolikor je bilo žrtev 11. septembra v ZDA, bremeni umora. Poleg tega so obtoženi terorizma, ugrabitve letal, zarote, napadov na civiliste, namenskega povzročanja telesnih poškodb in uničenja lastnine.

Poleg Kalida Šejka Mohameda, ki naj bi bil glavni organizator napadov na Svetovni trgovinski center, sodijo še njegovemu nečaku Aliju Abdu al Azizu Aliju, ki naj bi pomagal pri izvedbi napadov na ZDA z denarjem, Validu bin Atašu iz Jemna, ki je domnevno vodil teroristično taborišče v Afganistanu, Ramziju Binalšibu iz Jemna, ki je pomagal pri iskanju letalskih šol za ugrabitelje 11. septembra ter Savdijcu Mustafi al Havsaviju, ki je pomagal s financami.

Današnje zaslišanje obtožencev, ki so se prvič po treh letih pojavili v javnosti, se je hitro izjalovilo. Valida bin Ataša so zaradi nepojasnjenih vzrokov posadili na prisilno klop, odvetniki obtoženih pa so se pritoževali, da zaporniki niso smeli nositi civilnih oblačil po lastni izbiri.

Mohamed medtem ni hotel odgovarjati na zastavljena vprašanja. Po navedbah njegovega odvetnika zato, ker meni, da je sodišče nepošteno. Sodnik, poveljnik James Pohl je medtem opozoril, da obtoženim ne bo dovolil ovirati zaslišanja in bo nadaljeval brez njihove prisotnosti.

Obtoženci, ki jim v primeru obsodbe grozi smrtna kazen, so se pred sodiščem pojavili že junija leta 2008, a so potem zaradi smešenja sodišča s strani Mohameda sojenje preložili. Mohamed je tedaj dejal, da bodo priznali krivdo in pozdravili usmrtitev.

Kljub temu so nekateri predstavniki obrambe že namignili, da so pripravljeni na dolgotrajen boj na sodišču ter da bodo poskušali pod vprašaj postaviti vojaška sodišča in tajnost, ki prekriva primer. Pravni zastopnik Alija Abda al Aziza Alija je že dejal, da je danes "le začetek sojenja, ki bo trajal leta, temu pa bodo sledila še leta na prizivnem sodišču".

Tokratno sojenje bo potekalo v skladu z novimi pravili pred posebnim vojaškim sodiščem. Pravila prepovedujejo uporabo materialov, pridobljenih z mučenjem, obtoženci pa imajo dostop do civilnih odvetnikov. Vendar se odvetniki še vedno pritožujejo nad pravili, ki so preveč naravnana v korist tožilstva. Moti jih popoln nadzor nad komunikacijo med odvetniki in obtoženci, pomanjkanje sredstev za preiskave in drugi ukrepi, ki jih na civilnem sodišču ne bi bilo.