Slovensko narodnoosvobodilno gibanje je bilo del jugoslovanskega NOB, vendar pa je zaradi razmer skoraj do konca vojne delovalo avtonomno. Tudi v Sloveniji so na osvobojenih ozemljih partizanska vodstva organizirala novo, ljudsko oblast. Slovenski korpusi so bili v 4. armado jugoslovanske armade (JA) vključeni šele tik pred koncem vojne, namreč 1. marca 1945, s čimer je bila slovenska vojska formalno ukinjena. Slovenska vojska se je tako bojevala samostojno, razen v sklepnih operacijah.
OF je kmalu po ustanovitvi dobila svoj program, v njem pa je bilo med drugim zapisano, da bo po narodni osvoboditvi OF na slovenskem ozemlju prevzela oblast, uvedla pa naj bi ljudsko demokracijo. Vodilno vlogo v OF je kmalu prevzela komunistična partija, ki si je od začetka prisvojila idejno in operativno vodstvo narodnoosvobodilnega gibanja, vanj pa je zaprla pot tudi vsem razrednim in političnim nasprotnikom. Z dolomitsko izjavo marca 1943 si je partija tudi formalnopravno zagotovila prevlado v OF.Najvišji organ OF je postal vrhovni plenum OF, v katerem so imele zastopnike vse v OF vključene skupine, sestajal pa se je poredko. Oktobra 1943 je bil v Kočevju izvoljen 120-članski vrhovni plenum OF z 10-članskim izvršnim odborom, temelj slovenske državnosti pa je OF postavila februarja 1944 v Črnomlju z izvolitvijo Slovenskega narodnoosvobodilnega sveta (SNOS), ki je imel poverjeništva, komisije in institute. Ta je 5. maja 1945 izdal tudi zakon o narodni vladi in jo imenoval v Ajdovščini.
Mandat za sestavo vlade je prvemu predsedniku Borisu Kidriču, v času okrog druge svetovne vojne med slovenskimi komunisti drugemu človeku za Edvardom Kardeljem, izročil predsednik SNOS Josip Vidmar. Med ministri je bila tudi ena ministrica, in sicer Vida Tomšič za socialno politiko. Franc Snoj je postal minister za promet in je prihajal iz vrst SLS, ministrsko funkcijo pa je kot edini med novimi ministri opravljal že pred vojno. Drugi ministri so bili še Marijan Brecelj, Zoran Polič, Jože Pokorn, Ferdo Kozak, Aleš Bebler, Franc Leskošek, Janez Hribar, Tone Fajfar in Marijan Ahčin.Med strokovno javnostjo so nesoglasja, če je bila ajdovska vlada res prva slovenska (narodna) vlada. Ta naj bi bila po mnenju mnogih zgodovinarjev namreč ustanovljena že ob koncu prve svetovne vojne, tj. 29. oktobra 1918 v Ljubljani. Ajdovščina naj bi bila kot mesto ustanovitve slovenske vlade ob koncu druge svetovne vojne izbrana z namenom, da bi narodnoosvobodilno gibanje pokazalo, čigava je Primorska. Sprva naj bi bil predviden Črnomelj, nato celo Trst, a se je vodstvo zavedalo obstajanja možnosti, da bi se morali iz mesta umakniti.
Slovensko ozemlje ni bilo osvobojeno "na en mah". 29. marca 1945 se je sovjetsko-nemško bojišče premaknilo v Prekmurje, ki je bilo osvobojeno v prvih dneh aprila. Četrta armada JA je aprila naprej prišla v Gorski kotar, nato pa prodirala proti Istri in Trstu. Drugi krak napada pa je šel proti Ilirski Bistrici in Pivki. Osvobojeno ozemlje ob izviru Kolpe, na južnem Kočevskem in v Beli Krajini so ta čas branile enote sedmega korpusa. Deveti korpus je imel nalogo izvesti ofenzivo v sovražnikovem zaledju in prodirati po dolini Soče, osvoboditi Gorico in Tržič ter preprečiti prihod nemških okrepitev iz Italije.V začetku maja je četrta armada JA v okviru zaključnih operacij za osvoboditev s slovenskimi partizanskimi enotami dosegla slovenske etnične meje, kjer so živeli tudi mnogi Italijani. Slovenski Primorci so to dojeli kot osvoboditev, saj so tudi v osvobodilnem boju videli možnost za priključitev k Jugoslaviji, pa čeprav se mnogi med njimi niso navduševali nad komunizmom. Tako je bilo v depeši Centralnega komiteja KPS oblastnemu komiteju KPS za Primorsko zapisano: "Primorski Slovenci, zavedajte se odločilne važnosti tega trenutka! Gre za uresničenje naše davne želje po svobodi in trajni združitvi z ostalimi Slovenci in Jugoslovani. /.../ Primorci, napočil je trenutek svobode. Vsi na noge! Vsi v Jugoslovansko armado - našo osvoboditeljico! Vse, kar premoremo, za naše borce v njihovih poslednjih naporih!".
Že kmalu po zasedbi oblasti pa so bili zlasti po nalogu OZNE aretirani mnogi ljudje iz slovenskega Primorja, Istre in okolice Trsta, ki naj bi bili fašisti oz. tisti, ki jugoslovanske armade niso sprejeli kot osvoboditeljice. Med njimi jih je bilo precej usmrčenih in vrženih v kraška brezna, fojbe. Število usmrčenih, med katerimi so bili nekateri tudi nedolžni, se razlikuje. Do osvoboditve Trsta 1. maja je bilo osvobojeno že vse slovensko Primorje, razen ilirskobistriškega območja, in tudi Gorica, ki so jo osvobodili partizani.Poseben motoriziran odred je iz Trsta krenil na Koroško, vendar pa ga zavezniki niso spustili čez Predel, zato se je prebil čez Vršič ter se v Kranjski Gori spopadel z Nemci. Odredu se je pridružil še jeseniško-bohinjski odred na poti proti Koroški. Kokrški partizanski odred je 4. maja osvobodil ujetnike v Begunjah ter nato odšel čez Karavanke do Bistrice in Borovelj. 8. maja je kokrški partizanski odred prišel skoraj istočasno z zavezniki do Celovca. Medtem so se na cestah proti Ljubelju gnetle nepregledne kolone nemških, domobranskih in kvizlinških enot, mnogo pa je bilo tudi civilistov. 9. maja so v Ljubljano vkorakale enote 29. hercegovske divizije in 7. korpusa slovenske partizanske vojske, v severni Sloveniji pa so se boji razplamteli, čeprav je po 8. maju že veljala splošna kapitulacija nemških oboroženih sil v Evropi.
Na Koroškem je 14. divizija razporedila svoje enote po vsem narodnostnem ozemlju. Glavnina nemške skupine armad E je bila obkoljena v Celjski kotlini in na Koroškem; njen komandant je v Topolščici severno od Šoštanja podpisal vdajo. Na Koroškem pa so se na Poljani vdale poslednje enote šele 15. maja. V sklepnih bojih naj bi jugoslovanska armada zajela okrog 300.000 sovražnih vojakov, od tega naj bi bilo približno 175.000 nemških. Slovenska partizanska vojska pa naj bi vojno končala z okrog 35.000 borci.Vojna se ni končala za vse Slovence enako, kot se tudi ni odvijala. Za mnoge je konec vojne pomenil konec okupacije, za nekatere veselje nad zmago komunizma, za nekatere pa strah pred to ideologijo, ki je izviral tudi iz osebnih izkušenj med vojno. V prvih dneh maja 1945 so se proti mejnim prehodom valile množice tako sodelavcev okupatorjev in nasprotnikov komunizma, med katerimi je bilo veliko intelektualcev kot tudi množice preprostih ljudi. Pridružili so se jim tudi Slovenci iz vrst vojnih ujetnikov, ki so bili med vojno odvedeni na prisilno delo v Avstrijo ali Nemčijo, interniranci in tisti, ki se zlasti zaradi ideoloških razlogov niso želeli vrniti domov.
Njihovo število ni popolnoma znano. Po nekaterih podatkih naj bi jih bilo okrog 25.000, med njimi pa naj bi bilo tudi več tisoč domobrancev, ki so jih Angleži konec maja vrnili jugoslovanskim oblastem. Ostali so živeli zlasti po različnih avstrijskih begunskih taboriščih, nekateri med njimi so se nato razselili po svetu ali v bližini jugoslovanske meje. Zanje se je uveljavil izraz slovenska politična emigracija.26. maja je angleški poveljnik taborišča v Vetrinju podpisal ukaz, na osnovi katerega je bila v Slovenijo s pretvezo, da jih peljejo v Italijo, vrnjena prva skupina domobrancev; vračanje je trajalo pet dni. Domobranski poveljniki so skušali transport ustaviti in dobiti pojasnilo, vendar se je vračanje nadaljevalo. Številke o tako vrnjenih domobrancih se razlikujejo, verjetno pa se gibljejo čez 10.000. Vrnjene domobrance sta Organizacija za zaščito naroda (OZNA) in Korpus narodne obrambe Jugoslavije (KNOJ) spravljala predvsem v Škofove zavode v Št. Vidu pri Ljubljani in v nekdanji nemški center za predvojaško vzgojo v Teharjah pri Celju.
Večina domobrancev je bila brez predhodnega zaslišanja (ali zelo kratkega) usmrčena; iz Št. Vida so bili praviloma pobiti v Kočevskem Rogu, iz taborišča pa v opuščenih jaških zasavskih premogovnikov. Poleg slovenskih domobrancev je bilo brez predhodnega sojenja usmrčenih več tisoč vrnjenih hrvaških domobrancev, četnikov, Nemcev in Italijanov. Podatki o številu pobitih domobrancev po vojni so v različnih virih različni in se gibljejo od približno 7000 do po nekaterih podatkih okrog 15.000 pobitih domobrancev. Razlogi za vračanje domobrancev še niso popolnoma jasni.Domobranci so bili sicer v začetku maja preoblikovani v Slovensko narodno vojsko, saj se je 3. maja na pobudo Narodnega odbora za Slovenijo v Ljubljani začelo zasedanje narodnega predstavništva, ki se je razglasilo za prvi slovenski parlament. Razglasili so narodno državo Slovenijo kot sestavni del kraljevine Jugoslavije, ustanovili slovensko vlado kot začasni najvišji organ ter preimenovali domobrance v slovensko narodno vojsko. Slovence so pozvali k obči spravi, partizanske oddelke pa k prenehanju sovražnosti.
Domobranci naj bi po mnenju nekaterih zgodovinarjev pričakovali, da jih bodo zavezniki obravnavali kot del kraljeve vojske v domovini; tudi v taboriščih na Vetrinjskem polju naj bi se reorganizirali in vojaško urili v pričakovanju, da bo prišlo do razkola med zavezniki in bodo lahko sodelovali v bojih proti Titovi armadi. Sicer pa naj bi bila odločitev jugoslovanskega vrha o poboju vrnjenih pripadnikov kvizlinških formacij vključno z domobranci vidna že iz govora Tita z dne 26. maja 1945 v Ljubljani.Slovencem je uspelo s koncem vojne priključiti velik del etničnega ozemlja in si v okviru Jugoslavije pridobiti večjo politično samostojnost, a okrnjeno s komunistično diktaturo. Nasprotniki OF so se imeli za nosilce kontinuitete in legitimne predstavnike naroda ter so se od njih razlikovali po oceni, kaj so najpomembnejši nacionalni interesi pod okupacijo in najboljša taktika zanje. Za preprečitev nevarnosti komunistične revolucije so se odločili za vojaško kolaboracijo. Zato nekateri zgodovinarji medsebojne spopade med Slovenci v Ljubljanski pokrajini od poletja 1942 označujejo tudi kar z državljansko vojno v razmerah okupacije, a kot časovno in krajevno omejen pojav.
Druga svetovna vojna je v Sloveniji terjala visok krvni davek. Po podatkih Inštituta za novejšo zgodovino, ki izvaja projekt Žrtve druge svetovne vojne in zaradi nje v Sloveniji, je v času druge svetovne vojne in v obdobju po njej (od 6. aprila 1941 do 1. februarja 1946) izgubilo življenje okrog 90.000 ljudi, vendar pa po besedah direktorice inštituta Jasne Fischer še pričakujejo podatke o slovenskih žrtvah še z nekaterih tujih arhivov, tako da se bo številka približala 100.000 žrtev. Kmalu po vojni so se začeli izvajati tudi sodni procesi. Konec vojne je prinesel splošno pomanjkanje, nizko proizvodnjo in prometne težave, zato je bil uveden sistem racionalne preskrbe, in sicer z razdeljevanjem živil in industrijskih izdelkov prebivalstvu z nakaznicami in s kartami. Že maja se je začela obnova železniškega in cestnega prometa.
