Thalerja je marca 2011 britanski tednik Sunday Times obtožil, da bi sprejel denar za vplivanje na osnutke evropske zakonodaje. Evropski poslanec je obtožbe odločno zanikal, vendar vseeno odstopil.
Sunday Times je poročal o tem, kako so se njegovi novinarji pod krinko lobistov z nekaterimi poslanci dogovorili, da bodo ti v zameno za denar poskrbeli za sprejetje določenih dopolnil k evropski zakonodaji na področju financ. Svoje navedbe je časnik podkrepil tudi z na skrivaj narejenimi video posnetki.
Evropski urad za boj proti goljufijam (Olaf) v okviru preiskave primera Thalerja ni našel dokazov o nepravilnostih, na podlagi katerih bi lahko uvedli disciplinski ali kazenski postopek. Preiskavo je Olaf zaključil 22. decembra 2011.
Je pa maja lani Nacionalni preiskovalni urad (NPU) proti Thalerju podal kazensko ovadbo na specializirano državno tožilstvo v Ljubljani. To je nato septembra lani vložilo zahtevo za preiskavo na okrožno sodišče v Ljubljani.
Thaler je zaradi afere 21. marca 2011 odstopil s položaja poslanca v Evropskem parlamentu.
Vpletenosti v afero jemanja podkupnin v zameno za vložitev dopolnil k evropski zakonodaji so bili poleg Thalerja osumljeni še trije evropski poslanci - Avstrijec Ernst Strasser, Romun Adrian Severin in Španec Pablo Zalba Bidegain.
Strasserja je sodišče na Dunaju januarja letos spoznalo za krivega sprejemanja podkupnine in ga obsodilo na štiri leta zapora.