Agencijo kot vršilec dolžnosti direktorja od sredine maja vodi Mark Pohar, pred tem jo je eno leto prav tako kot vršilec dolžnosti vodil Miha Krišelj.
Zapleti glede vodenja Apeka segajo že v leto 2009. Vlada je namreč 26. novembra 2009 z mesta direktorja Apeka na predlog ministra Gregorja Golobiča razrešila Tomaža Simoniča, kot razlog pa navedla kršenje določb zakona in predpisov, povezanih z brezplačno podelitvijo frekvenc za mobilno telefonijo UMTS družbi Tušmobil.
Po nemalo zapletih v zvezi s Simoničevo razrešitvijo, ko je informacije v zvezi s tem od Slovenije zahtevala tudi Evropska komisija, Simonič pa je po sodni poti dosegel razveljavitev vladnega sklepa, ga je vlada 13. maja 2010 ponovno razrešila z mesta direktorja agencije.
Sledilo je obdobje, ko agencijo vodijo vršilci dolžnosti. Sprva je agencijo kot v.d. vodil Krišelj, ki se ob poteku mandata zaradi osebnih razlogov ni odločil za podaljšanje mandata še za dodatnih šest mesecev. Zato je to nalogo prevzel Pohar. Ta danes še ni želel povedati, ali se je prijavil na natečaj.
Razpis za novega direktorja je sicer bil objavljen, nanj se je prijavilo šest kandidatov, a se je nato ministrstvo za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo odločilo, da z izbiro počakajo na sprejem novele zakona o elektronskih komunikacijah, s katero so odpravili tudi pomisleke s strani Evropske komisije. DZ jo je sprejel aprila.
Novela namreč med drugim na novo opredeljuje postopek imenovanja in razreševanja direktorja Apeka. V noveli so zdaj izrecno našteti pogoji za imenovanje direktorja, natančno pa je tudi opredeljeno, kdaj je lahko direktor predčasno razrešen in kdaj se mu lahko začasno prepove opravljanje nalog.
