Headeyjeva je bila med ženskami, ki so filmskega producenta Harveyja Weinsteina leta 2017 javno obtožile spolnega nadlegovanja. Takrat je povedala, da ji je nekdanji vodja studia Miramax, ki zdaj prestaja zaporno kazen zaradi več spolnih napadov, leta 2005 na beneškem filmskem festivalu izrekal neprimerne pripombe, nekaj let pozneje pa jo je v Los Angelesu (neuspešno) poskušal zvabiti v hotelsko sobo.
»Zelo me jezi nenavadna zaščita, ki jo v tem poslu omogočamo plenilskim moškim zaradi nesorazmerne moči, ki jo imajo, medtem ko so ranljive igralke prisiljene sprejemati delo, da lahko preživijo,« je dejala v intervjuju in pojasnila, da je, ko je začenjala kariero, obstajal nekakšen prehod za vse mlade igralke, ki je običajno vključeval vloge s poljubljanjem, seksom in razkazovanjem prsi. »Nisem obiskovala igralske akademije, zato sem prišla na snemanje in si mislila: 'Moj bog, dobila sem službo.' Ko je prišlo do takšnih prizorov, se mi sploh ni zdelo, da bi morala biti zaščitena. Namesto tega sem odšla domov in jokala …« je povedala.
Pozneje je igrala v seriji Igra prestolov, v kateri je med znamenitim prizorom gole Cersei v Dubrovniku uporabila dvojnico, zaradi česar so jo mnogi kritizirali. »Res me je šokirala jeza ljudi, ta ideja, da sem prevarala gledalce,« je dejala. »Toda takrat je bilo že povsem noro iti kamor koli, okoli mene pa je bilo približno 3000 statistov. Igranje je čudovito, vendar od tebe zahteva ogromno. Čustvenega dela prizora ne bi mogla odigrati, saj bi bila ves čas v obrambnem položaju.«
