V začetku sedemdesetih let je sodeloval pri ustanovitvi organizacije Greenpeace, vendar jo je kmalu zapustil, ker je menil, da so njene metode preveč pasivne. Pred skoraj petdesetimi leti je ustanovil nevladno organizacijo, katere cilj je preprečiti nezakoniti lov na kite, tjulnje, morske pse in druge ogrožene morske živali.
Pod njegovim vodstvom je organizacija izvajala odmevne akcije na odprtem morju, pri katerih so njene ladje spremljale ali ovirale kitolovske in ribiške ladje. Danes 75-letni Watson je vedno znova zagovarjal stališče, da je treba zakone za zaščito narave tudi dejansko uveljavljati. Zato je podpiral neposredne, vendar po njegovih besedah nenasilne ukrepe. Zaradi različnih incidentov na morju se je večkrat znašel v pravnih sporih z oblastmi različnih držav, kljub temu pa mu je uspelo končati več ducat kitolovnih operacij. Sedaj je ladja njegove fundacije spet pred obalami Islandije, kjer bo poskušala z mednarodno okoljevarstveno kampanjo Operation 86 preprečiti nadaljnji kitolov.
Mednarodna komisija za kite je leta 1986 razglasila moratorij za kitolov, a so ga pod drugimi zakonskimi opredelitvami Japonska, Islandija in Norveška nadaljevale. Watson pravi, da želi dokončati to, kar so začeli leta 1986, ko so aktivisti njegove organizacije potopili dve islandski kitolovski ladji v pristanišču Reykjavik. Isto podjetje še danes lovi kite in Watson želi to preprečiti. Ladja njegove fundacije že pluje po vodah islandske gospodarske cone in se pripravlja na to, da bo prekrižala načrte v zvezi s kitolovom podjetju, ki naj bi v tem letu že pokončalo deset teh morskih velikanov. Kot so napovedali, bodo poskušali preprečiti dobavo goriva njihovim ladjam. Islandska mornarica je v bližino kitolovk napotila okrepitve, da bi zaščitili ladji, ki sta sicer izklopili svoje transponderje, tako da njuni lokaciji na morju javno nista več vidni.