Ob gradnji so bila poplavljena obsežna območja, na katerih so stoletja živeli Avá-Guarani. Na stotine družin je bilo prisilno razseljenih, njihova tradicionalna ozemlja pa so izginila pod vodo. Ljudstvo Avá-Guarani tako ni izgubilo zgolj prostora bivanja, temveč tudi temelj svoje kulture, duhovnosti in identitete.
Kljub temu da je od dogodkov minilo več kot 40 let, vprašanje pravične odškodnine ostaja nerešeno. Leta 2025 je brazilsko vrhovno sodišče odobrilo delni dogovor, ki vključuje nakup približno 3000 hektarjev zemlje in javno opravičilo. Vendar predstavniki skupnosti opozarjajo, da gre le za delno rešitev, ki ne odraža dejanskega obsega izgube.
Mednarodne organizacije, kot je Amnesty International, poudarjajo, da odgovornost nosijo tako države kot podjetje Itaipu Binacional. Po njihovem mnenju projekt, ki ga oblasti predstavljajo kot primer trajnostne energije, temelji na kršitvah človekovih pravic in trpljenju staroselskega prebivalstva.