Več kot štiri desetletja je posvetil razkrivanju skrivnosti odločanja pri čebelah. Strast do čebel je odkril pri šestnajstih letih, ko je v gozdu v bližini svojega doma v Ithaci (zvezna država New York) naletel na divje gnezdo v votlem hrastu. Očaran nad usklajenostjo tisoče žuželk je roj preselil v doma narejen panj. Namesto pridelave medu ga je prevzela skrivnost, kako majhna bitja brez vodje delujejo kot pametna skupnost.
Po študiju na Dartmouthu je doktoriral na Harvardu pod mentorstvom velikanov sociobiologije, E. O. Wilsona in B. Hölldoblerja. Seeleyjevo osrednje odkritje je, da čebelji panj deluje kot »superorganizem« in »kolektivni možgani«. V uspešnici Honeybee Democracy (2010) je dokazal, da se roj o novem domu odloča popolnoma demokratično. Čebele izvidnice z zibajočim plesom tekmovalno in neodvisno zagovarjajo lokacije, dokler ne dosežejo kvoruma – vse to brez vpliva matice ali osrednjega vodje.
Seeley je znan po domiselnih poskusih, pri katerih je denimo tisoče čebel ročno oštevilčil in jih potrpežljivo opazoval. V zadnjem času raziskuje naravno odpornost divjih čebel proti škodljivcem.
Njegova spoznanja ne le oblikujejo biologijo, temveč tudi navdihujejo razvijalce umetne inteligence, robotike in ekonomije.