Vojaški sodnik ameriških zračnih sil, podpolkovnik Michael A. Schrama, je za datum začetka sojenja Kalidu Šejku Mohamedu, Validu bin Atašu, Aliju Abdulu Azizu Aliju in Mustafi al Havsaviju določil 5. junij 2028. Vsi štirje so pridržani v ameriškem vojaškem zaporu v Guantanamu na Kubi. Tožilstvo je želelo, da bi se sojenje začelo že januarja 2027, a je sodnik ocenil, da je za rešitev številnih predhodnih vprašanj, predvsem sporov o dopustnosti dokazov, potrebnega več časa. Če vsi postopki ne bodo sklenjeni do takrat, lahko pride do novih zamud. Sojenje je bilo sprva predvideno že za leto 2021, vendar je bil ta načrt pozneje opuščen.
Mohamedu in trem soobtoženim očitajo sodelovanje pri načrtovanju in izvedbi napadov 11. septembra 2001. Devetnajst ugrabiteljev je tedaj zajelo štiri potniška letala. Dve sta zadeli stolpnici Svetovnega trgovinskega centra v New Yorku, tretje Pentagon, četrto pa je po uporu potnikov strmoglavilo na polju v Pensilvaniji. Umrlo je skoraj 3000 ljudi, napadi pa so v ZDA povzročili izjemen psihološki šok in predstavljali najhujši napad na ameriškem ozemlju po japonskem napadu na Pearl Harbor leta 1941.
Napadi so sprožili dolgotrajno ameriško vojno proti terorizmu. ZDA so v odziv napadle Afganistan, ker talibanska oblast ni hotela predati Osame bin Ladna. Zaradi napada je Nato prvič v zgodovini uporabil 5. člen, po katerem se oboroženi napad na eno članico šteje za napad na vse. Kasnejša vojna v Iraku pa je imela že precej manjšo mednarodno podporo.
Ameriški odziv na 11. september je močno vplival na ugled ZDA, zlasti zaradi (pre)obsežnih varnostnih ukrepov, posegov v zasebnost ter uporabe mučenja oziroma tako imenovanih naprednih tehnik zasliševanja. Pozneje se je potrdilo, da so ameriške trditve o iraškem orožju za množično uničenje lažne. Kritiki v teh dogodkih vidijo začetek dolgoročnega slabljenja ameriškega položaja v svetu.
Glavni obtoženec
Kalid Šejk Mohamed je bil eden najpomembnejših operativcev Al Kaide in eden glavnih arhitektov napadov 11. septembra. Ameriške službe so sicer že pred napadi razpolagale s podatki o načrtu uporabe letal kot orožja, vendar niso v celoti razumele njegovega položaja v hierarhiji Al Kaide.
Mohamed je sicer imel dolgo zgodovino džihadističnih aktivnosti. V 90. letih je bil povezan z načrtom Bojinka oziroma načrtovanjem uničenja več ameriških potniških letal. Sodeloval je tudi s svojim nečakom Ramzijem Jusefom, enim glavnih načrtovalcev bombnega napada na Svetovni trgovinski center leta 1993.
Ameriške in pakistanske oblasti so Mohameda zajele 1. marca 2003 v Ravalpindiju blizu Islamabada. Pakistanske varnostne sile so ob sodelovanju ameriških obveščevalcev izvedle operacijo v hiši, kjer se je skrival, in z njim zajele tudi Mustafo Al Havsavija. Do Mohameda so prišli po vrsti aretacij in na podlagi obveščevalnih podatkov, pomembno pa je bilo tudi sledenje njegovim sodelavcem.
Po zajetju Mohameda niso takoj odpeljali v Guantanamo. Cia ga je najprej pridržala v tajnem programu zaporov zunaj ZDA, kjer je bil podvržen intenzivnim zaslišanjem. Leta 2006 je predsednik George W. Bush javno potrdil obstoj programa in napovedal premestitev 14 pomembnih pripornikov v Guantanamo. Mohamed je v ameriškem vojaškem oporišču na Kubi od septembra istega leta.
Guantanamo in spor o mučenju
ZDA so zapor v Guantanamu ustanovile, da bi osumljence obravnavale zunaj običajnega ameriškega kazenskega sistema. S tem so se začeli dolgotrajni pravni spori o njihovih pravicah, statusu vojnih ujetnikov in pristojnosti ameriških sodišč. V času največjega obsega je bilo tam približno 800 pripornikov, danes pa jih je še 15.
Prav ravnanje z Mohamedom in drugimi priporniki je ena ključnih ovir za proces. Senatni odbor za obveščevalne dejavnosti je ugotovil, da so bile tehnike zasliševanja Cie precej bolj brutalne, kot je agencija prikazovala politikom in javnosti. Med dokumentiranimi metodami so bili udarci, udarjanje z glavo ob steno, prisilna golota, dolgotrajno pomanjkanje spanja, stresni položaji, izolacija in waterboarding oziroma simulirano utapljanje.
Po ugotovitvah senatnega poročila je bil Mohamed deležen utapljanja v 15 ločenih seansah. Večkrat je postal neodziven in je potreboval medicinsko pomoč. V internih zapisih Cie so nekatere primere opisali kot skorajšnje utopitve. Prav zato je vprašanje, katere njegove izjave in druge dokaze bo mogoče uporabiti na sodišču, tako pomembno. Kritiki opozarjajo, da je mučenje lahko vplivalo na vsebino priznanj in drugih izjav, tožilstvo pa mora dokazati, da so pridobljeni dokazi pravno dopustni. Spor o tem je eden glavnih razlogov, da se proces vleče že več kot dve desetletji.