Premier Janez Drnovšek je Frleca za zunanjega ministra predlagal leta 1997, po odstopu Zorana Thalerja. Na čelu Mladike je ostal do leta 2000 in ministrstvo vodil v obdobju intenzivnega približevanja Slovenije Evropski uniji in zvezi Nato, takrat pa je Slovenija tudi prvič postala nestalna članica varnostnega sveta OZN. Kot zunanji minister je skupaj z ameriško zunanjo ministrico Madeleine Albright podpisal dokumente o ustanovitvi sklada za razminiranje ITF.
Rodil se je 10. februarja 1936. Leta 1965 je postal doktor kemijskih znanosti in bil nato raziskovalec na Institutu Jožefa Stefana v Ljubljani ter leta 1975 njegov direktor. Leto kasneje je postal tudi redni profesor za anorgansko kemijo na Univerzi v Ljubljani.
Leta 1984 je postal član izvršnega sveta (vlade) Republike Slovenije ter njegov podpredsednik za družbene dejavnosti. Od 1984 je bil tudi predsednik slovenske republiške komisije za odnose z verskimi skupnostmi.
Frlec je bil diplomat že v času Jugoslavije in bil leta 1989 imenovan za veleposlanika v Nemčiji, po osamosvojitvi Slovenije pa je bil tudi njen prvi veleposlanik v tej državi.
Po odstopu s položaja zunanjega ministra leta 2000 iz osebnih razlogov je bil prvi slovenski veleposlanik na Nizozemskem. In ko je Slovenija leta 2005 za eno leto prevzela predsedovanje Organizaciji za varnost in sodelovanje v Evropi, je bil projektni vodja. Leto kasneje se je upokojil, a ostal dejaven, med drugim je bil član strateškega sveta za zunanjo politiko.