Marko Ivan Rupnik se je ob svojem pastoralnem delu uveljavil zlasti kot umetnik – po vstopu med jezuite in študiju filozofije v Ljubljani se je namreč leta 1977 vpisal na likovno akademijo v Rimu ter leta 1981 diplomiral iz slikarstva (zatem je na Papeški univerzi študiral še teologijo), v 90. letih prejšnjega stoletja pa je postal direktor novoustanovljenega Centra Aletti, jezuitske raziskovalne in izobraževalne ustanove, na kateri je prevzel še vodenje umetniškega oddelka; prav pod njegovim vodstvom je atelje omenjenega centra izdelal številne mozaike z religiozno vsebino po Evropi in drugod po svetu. Likovno ustvarjanje je Rupniku prineslo tudi najvišjo slovensko nagrado za umetnost, Prešernovo nagrado, ki so mu jo leta 2000 podelili za mozaik v kapeli Odrešenikove matere v Vatikanu.
Dodelitev te visoke nagrade Rupniku se je sicer mnogim zdela sporna, saj je upravni odbor Prešernovega sklada, ki mu je takrat predsedoval arhitekt Jože Kušar, znan predvsem po prenovah cerkev ter župnišč, to odločitev sprejel samovoljno – patra Rupnika namreč ni bilo med peterico kandidatov oziroma kandidatk za Prešernovo nagrado, ki so jih predlagale strokovne komisije, temveč ga je med morebitne prejemnike uvrstil kar upravni odbor sam, in to po priporočilu enega izmed članov odbora, ki je omenjeno mozaično poslikavo (edini) videl v živo. Odstopanje od statuta, po katerem naj bi odbor pri svojih odločitvah sledil mnenju strokovnih komisij, so takrat pojasnili takole: »Po temeljiti razpravi je upravni odbor presodil, da gre pri poslikavi papeževe kapele Redemptoris Mater v Vatikanu za delo velike umetniške kvalitete in za pomembno prisotnost slovenske likovne umetnosti v enem od umetniških središč sveta.« Potem ko je odbor Rupnika dodal na seznam kandidatov, mu je državno nagrado za življenjsko delo tudi podelil.
Protest proti kršitvam
Za še več razburjenja je na sami podelitvi poskrbela pesnica in pisateljica Svetlana Makarovič, ki bi morala tega leta prejeti Prešernovo nagrado za pesniški opus – ta se je na slovesnosti najprej zahvalila, nato pa izjavila, da nagrado »seveda v celoti zavrača«. Svoje odmevne zavrnitve (odpovedala se je tudi denarnemu delu nagrade) takrat ni dodatno pojasnjevala, vendar se je kmalu izkazalo, da je bil razlog za njeno protestno gesto ravno drugi nagrajenec, torej Rupnik. Po mnenju Makarovičeve je namreč upravni odbor s »škandalozno« izbiro Rupnika grobo kršil pravilnik Prešernovih nagrad, ne le s tem, da je zaobšel stališče strokovne komisije, temveč tudi s tem, da je nagrado, »namenjeno za življenjsko delo, podelil za eno samo stvaritev«, pri čemer niti ni šlo za umetniško delo, nastalo v Sloveniji, ampak za mozaik v papeževih zasebnih prostorih, ki ni dostopen javnosti. Kmalu zatem je Svetlana Makarovič tudi javno izstopila iz Cerkve.
Marko Rupnik pa je z ustvarjanjem mozaikov nadaljeval: med najbolj znanimi so tisti v portugalski Fatimi (gre za ogromen pozlačen oltarni mozaik, ki so ga postavili leta 2007), pa na fasadi cerkve v Lurdu, lani je s pomočjo 23 sodelavcev še z enim obsežnim mozaikom prekril apsido frančiškanske cerkve v Mostarju. Veliko njegovih mozaičnih poslikav je tudi po Sloveniji.