V Dnevniku smo leta 2007 razkrili, da je takratna vlada Janeza Janše ustanovila posebno delovno skupino z nalogo pregledati poslovanje Sove. V tajni službi, ki jo je takrat vodil Matjaž Šinkovec (SDS) so po začetku dela vladne skupine nastale kaotične razmere in v javnost so začele uhajati tajne informacije. Med drugim ta, da je Sova leta 2004 posnela telefonske pogovore med Ivom Sanaderjem in Janezom Janšo o mejnih incidentih na južni meji. Prav tako se je izkazalo, da je imela Sova skupaj z nemško tajno službo BND v Ljubljani tajni prisluškovalni center za področje Balkana.
Razvedelo se je tudi, da v Sovi obstaja črni denarni sklad, za katerega ni bilo pravne podlage, in prav tam naj bi bilo več domnevnih nepravilnosti. Vladna skupina je ugotovila, da je Sova s sredstvi črnega sklada kupila preko 2000 evrov vredno ročno uro agentu, ki je odšel v pokoj. Da so nekaj preko 1000 evrov porabili za letalsko karto indijskega zdravilca Sardeshmukha Sanadarja, ki je prišel v Slovenijo zdraviti pokojnega predsednika republike Janeza Drnovška.
Sova je preko svojega tajnega sodelavca nezakonito ustanovila tudi podjetje WEBS za registracijo internetnih domen, kasneje pa je podjetje prepisala na nekdanjega uslužbenca Sove, s čemer naj bi mu pridobila premoženjsko korist. V podjetje je Sova vložila 45.593 evrov. Prav tako naj bi neupravičeno registrirali nekdanjega direktorja Sove Draga Ferša kot tajnega sodelavca Sove tako, da je prejel neobdavčenih 126.300 evrov, ki jih je vlada namenila za delo direktorja Komisije za reformo obveščevalnega sistema BiH. Iz tajnega sklada naj bi Sova plačevala tudi stroške konspirativnih objektov, ki pa se niso uporabljali za konspirativno dejavnost, ampak so v njih bivali delavci Sove. Na vse zgoraj omenjene primere se po naših informacijah nanašajo ovadbe, ki so bile podane v zadevi Sova.
Policisti pa se v predkazenskem postopku niso ukvarjali samo s sumi nepravilne porabe finančnih sredstev, ampak tudi z zakonitostjo dela Sove. Kot smo že zapisali, je Sova tajno spremljala telekomunikacije z balkanskega polotoka, in to tudi s prisluškovanjem konkretnim osebam in določljivim telefonskim priključkom v tujini (primeri: pogovor Sanader - Janša, pogovori hrvaškega zunanjega ministrstva z ambasado v Ljubljani itd.), za kar pa ni imela odredbe sodišča. Ali so tudi glede tega kriminalisti podali ovadbo, nam še ni znano.
V predkazenskem postopku je bilo več zadev in kriminalisti so glede tega opravili razgovore tudi z nekdanjim direktorjem Sove dr. Iztokom Podbregarjem. V nekaterih primerih je nastopal kot osumljenec, v drugih kot priča. Včeraj smo ga vprašali, v katerih postopkih je imel razgovore s kriminalisti. Odgovoril nam je, da je bilo več postopkov, vsi pa so zaupni, zato o vsebini ne more govoriti. "Lahko samo še enkrat zatrdim, da sem delal zakonito in odgovorno," je povedal Podbregar.
