Glavno vprašanje je vpliv na kakovost zraka v Ljubljani, še zlasti v zimskem času, ko je tretjino časa v Ljubljanski kotlini temperaturni obrat (inverzija) in se prašni delci zadržujejo pri tleh. Največji vir prašnih delcev v Ljubljani sta promet in ogrevanje, predvsem iz individualnih kurišč na les.
Sežigalnica in daljinsko ogrevanje
Medtem ko kritiki sežigalnice trdijo, da bo sežigalnica zagotovo še dodatno poslabšala zrak v Ljubljani, so v Energetiki Ljubljana prepričani, da se bodo emisije delcev in drugih onesnaževal z gradnjo sežigalnice zmanjšale, saj naj bi ta s priključitvijo na sistem daljinskega ogrevanja nadomestila druge obstoječe bolj umazane vire ogrevanja.
Glede na to, da je najbolj verjetna lokacija za sežigalnico poleg centra za ravnanje z odpadki RCERO na Barju, bi bila postavitev sežigalnice tudi priložnost za širitev omrežja toplovoda po jugu oziroma jugozahodu mesta, ki je za zdaj najslabše pokrit s tem sistemom. Ali se bo to zgodilo, je še vprašanje za prihodnost, saj je v projektu sežigalnice predviden zgolj priključek na obstoječe omrežje daljinskega ogrevanja, ne pa tudi širitev distribucijskega omrežja.
Kot pravijo v Energetiki Ljubljana, bo sežigalnica kljub temu prispevala k zmanjšanju izpustov v njihovi proizvodnji toplote, saj bo pomagala nadomestiti premog, ki ga opuščajo. Predvidevajo, da bi sežigalnica zagotavljala približno 30 odstotkov toplote v sistemu daljinskega ogrevanja. Potreba, da se sežigalnica priključi na sistem daljinskega ogrevanja, je eden od omejitvenih dejavnikov za njeno lokacijo in pomeni, da ni predaleč od urbanega centra.
Opuščanje premoga
Večino toplote bo v Ljubljani še naprej zagotavljala Toplarna in termoelektrarna Ljubljana v Mostah. Ta je nedavno končala gradnjo nove plinsko-parne enote, ki je nadomestila dve od treh premogovnih enot. Nova enota na plin je precej bolj učinkovita pri proizvodnji elektrike, zato pa na drugi strani proizvede manj toplote. V primerjavi s prejšnjimi premogovnimi enotami lahko nova proizvede vsaj 60 odstotkov več elektrike, a bistveno manj toplote. Na plin že dolgo deluje manjša toplarna Šiška, tretji blok v Mostah pa trenutno kuri premog in lesne sekance v razmerju približno pol-pol. Do leta 2029 naj bi bila prva enota, ki zdaj ni v uporabi, predelana na lesne sekance, kar bi omogočilo, da se bo premog uporabljal le še kot rezerva v primeru motenj ali zelo nizkih temperatur.
Parametri dovoljenih onesnaževalcev v sežigalnici in drugih industrijskih obratih so bistveno strožji od individualnih kurišč, kjer dim ni prefiltriran. Kot primer v Energetiki Ljubljana navajajo, da dobro izolirana samostojna hiša, ki za svoje ogrevanje na leto porabi 3,5 kubičnega metra drv v kurilni sezoni, izpusti 2 kilograma prašnih delcev. Pri tem porabi 6 megavatnih ur toplote. Sežigalnica Ljubljana bo proizvedla 50.000-krat več toplote, a njeni izpusti prahu ne bodo presegli 1880 kilogramov. V praksi imajo podobne sežigalnice v Avstriji še vsaj trikrat nižje izpuste od teh konstrukcijsko predvidenih zgornjih mej. To pomeni, da ima sežigalnica okoli 350-krat nižje izpuste prašnih delcev na enoto proizvedene toplote kot posamezna kurišča.
Energetika Ljubljana je od leta 2001 z različnimi ukrepi, od katerih je bilo ključno opuščanje premoga, zmanjšala izpuste prašnih delcev v svojih obratih s skoraj 500 ton na približno 5,4 tone. Da pa bi sežigalnica znatneje pripomogla k znižanju izpustov prašnih delcev v Ljubljani, bi morala prek daljinskega ogrevanja nadomestiti čim več individualnih kurišč.
Dimnik v višave
Večino parametrov sežigalnice zamejuje že evropska zakonodaja, po kateri je vloga pristojnega regulatorja, v našem primeru je to Arso, ne samo preverjanje spoštovanja omejitev izpustov, ampak od investitorja določi končne značilnosti objekta. Ena večjih neznank pri ljubljanski sežigalnici je še vedno višina dimnika. Čeprav je tudi župan Janković večkrat omenjal višino 250 metrov, v Energetiki Ljubljana pravijo, da ta še ni določena in da bodo tehnične značilnosti dimnika, tudi njegovo višino, še določili. Pri tem bo po njihovih besedah ključno modeliranje gibanja atmosfere, predvsem višine inverzije v Ljubljani.
Ljubljanska ali zahodnoslovenska sežigalnica
Čeprav govorimo o ljubljanski sežigalnici, bo to dejansko sežigalnica za dobro polovico Slovenije. Uredba, na podlagi katere je bil objavljen razpis za opravljanje javne službe, na katerega se je Ljubljana prijavila, namreč obsega osrednjeslovensko, gorenjsko, goriško, obalno-kraško, primorsko-notranjsko, posavsko, jugovzhodno in zasavsko statistično regijo. Od skupno predvidenih 220.000 ton odpadkov, ki jih ni praktično reciklirati in o katerih govori uredba, jih v tem območju nastane 130.000, kar je tudi predvidena kapaciteta ljubljanske sežigalnice. V Energetiki Ljubljana tako pravijo, da je ljubljanska sežigalnica del rešitve tega problema za vso Slovenijo. Poudarjajo namreč, da dokler se odpadke vozi na sežig v tujino, obstaja nevarnost, da bodo druge države ta prevzem začele omejevati.
Čeprav je sežigalnica tudi energetski objekt, je ključno vprašanje predvsem, kaj storiti z odpadki in kdo naj prevzame odgovornost zanje.