Masaryk je imel do nacionalne zavesti diametralno nasproten odnos, zaradi česar je imel, ko je bil še profesor filozofije, dva odmevna konflikta s češkimi nacionalisti. Leta 1886 je odločilno prispeval k splošnemu spoznanju, da sta dva »srednjeveška« rokopisa, ki so ju zelo spretno ponaredili v dvajsetih letih 19. stoletja, lažna. Do tedaj je vsak dvom v njuno pristnost veljal za narodno izdajo, Masaryk pa je z obrazložitvijo, da so Čehi kulturno dovolj veliki, da jim ni treba temeljiti na lažeh, in da resnica ne more škoditi prirojeni ljubezni do lastnega jezika in naroda, dosegel, da sta Kraljevodvorski in Zelenogorski rokopis uradno obveljala za produkt romantične, in ne srednjeveške literature.
Hujši konflikt z lastnim narodom se mu je zgodil leta 1899, ko se je zavzel za na smrt obsojenega Juda Leopolda Hilsnerja, ki je bil brez dokazov obtožen, da je okrutno umoril mlado katoličanko, ker naj bi njeno kri potreboval za svoj obred. Tožilcu je ta sodni »uspeh« prinesel tako popularnost, da je postal župan Prage, Masaryka so pretepli njegovi lastni študentje, univerza pa je ukinila njegova predavanja. A medtem ko so ga napadali doma, si je v tujini pridobil ugled, po zaslugi katerega mu je po prvi svetovni vojni uspelo dobiti podporo zmagovalcev in zgraditi eno gospodarsko in kulturno najuspešnejših republik predvojne Evrope. Zaradi svoje drže in diplomatske spretnosti je bil spoštovan tudi v ZDA, na katere se je naslonil v času, ko so te vojaško in gospodarsko zmagovale. Za razliko od nas, ki smo se jim začeli podrejat takrat, ko so že izgubljale vojne, ugled in tudi gospodarsko moč.
Čeprav ne čisto lahko je mogoče verjeti, da bomo v naslednjih desetih letih na danes razsuti Masarykovi dobili »lepo avenijo s štiripasovnico, drevoredom, površinami za pešce in kolesarje«, kot je v Dnevniku konec maja obljubil župan. Vprašanje pa je, ali zmoremo verjeti, da bo Slovenija do takrat dobila tudi državnika, ki nas bo popeljal v spopad z zahtevami sodobnega sveta in s tem rešil našo samostojnost pred dokončnim propadom.
