Druge igre moderne dobe v Parizu so mu namreč pobrale toliko moči, da je celo obupal, dvignil roke nad organizacijo in kasneje priznal: "Pravi čudež je, da je olimpijsko gibanje preživelo takratno dogajanje." De Coubertinu je živce paral predvsem Alfred Picard, ki je bil direktor svetovnega sejma, v okviru katerega so v francoski prestolnici organizirali olimpijske igre.

Toda Picard nad tem ni bil navdušen. "Šport je nesmiselna in absurdna aktivnost," je izjavil in bil eden od glavnih krivcev, da so številni športniki odpovedali sodelovanje na igrah. Potem ko je olimpijski komite že sestavil celoten program, se je v organizacijo vmešalo francosko športno združenje, ki je želelo igre organizirati po svoje. Komite je po številnih sporih položil orožje, Picard je kot glavo iger imenoval Daniela Merillona, ta pa je povsem spremenil program in protestne zavrnitve sodelovanja so kar deževale. "Predal sem se in naredil napako," je še dodal De Coubertin.

Igre so se uradno, a brez slovesnosti začele 14. maja, končale pa šele pet mesecev kasneje, natančneje 28. oktobra. Zanimivo je, da francoski mediji sploh niso uporabljali izraza olimpijske igre, pač pa so pisali o mednarodnem prvenstvu, mednarodnih igrah, pariškem prvenstvu, grand prixu pariškega sejma... Na igrah so prvič nastopile ženske (prva olimpijska zmagovalka je postala petkratna wimbledonska prvakinja v tenisu Charlotte Cooper), ogromno pa je bilo tudi športov, ob omembi katerih se lahko danes le nasmehnemo. Tako so se merili celo v streljanju živih golobov, reševanju življenj, dirkanju z motorji, letenju z baloni, gašenju požarov... Olimpijski komite teh športov v statistiki iger danes ne vodi kot uradnih disciplin.

Ker je bila organizacija v tistih časih bolj "na hojladri", je pritožb mrgolelo kot plevela. V maratonu so se tako trije atleti iz Združenih držav Amerike pritožili, da sta si prvouvrščena Francoza pomagala z bližnjicami. Svoje so poskušali dokazati s tem, da le domačina v cilj nista prišla vsa v blatu, a so bili vsi protesti zaman. Eden od junakov OI 1900 je bil atlet Alvin Kraenzlein, ki je slavil v teku na 60 m, 110 m, 220 m ovire in v skoku v daljino. Pri slednjem je bil njegov glavni tekmec Meyer Prinstein, ki pa zaradi verskih razlogov ni smel sodelovati v nedeljskem finalu. To ga je tako razjezilo, da je po koncu Kraenzleina s pestjo kresnil kar naravnost v obraz.

Druge olimpijske igre so prinesle tudi prvega temnopoltega dobitnika olimpijskega priznanja (takrat so namesto kolajn delili trofeje in pokale). To je postal Constantin Henriquez De Zubiera, ki pa je sodeloval v nenavadnem športu po imenu umetnosti vojskovanja. Četrto najuspešnejše moštvo iger je bilo tako imenovano mešano moštvo, v katerega so spadali športniki, ki niso branili barv svojih držav, pač pa ekip, ki so jih zastopali recimo v kriketu, nogometu...