Do eksplozije je prišlo ob 9.39 po lokalnem času okoli 170 kilometrov od St. Petersburga, zaradi eksplozije pa so iztirili lokomotiva in dvanajst od trinajstih vagonov. Poškodovanih je okoli 800 metrov tirov.
Kot je povedal strojevodja, je pred nesrečo slišal glasen pok, potniki pa so slišali dve eksploziji. Vlak se je začel hitro zaustavljati in takrat so se nekateri vagoni prevrnili. Največ škode je bilo v vagonu z restavracijo, kjer je bilo tudi največ ranjenih potnikov.
Pod enim od vagonov so našli krater s premerom okoli 1,5 metra, ki ga je povzročila eksplozija. Po besedah ruskega tožilca za severozahodno območje Sergeja Bedničenka je nesrečo povzročila doma narejena eksplozivna naprava. Kdo je bombo podtaknil, za zdaj še ni znano.
Čečenski uporniki zadnje leto niso izvedli nobenega napada izven območja južne Rusije, so pa odgovorni za več terorističnih napadov v zadnjih letih. Leta 2002 so vpadli v moskovsko gledališče in ubili 120 talcev, leta 2004 pa so v napadu na šolo v Beslanu ubili 334 ljudi, večinoma otrok.
Leta 2003 je eksplozija raznesla mestni vlak na severozahodu Čečenije in odnesla 43 življenj, predlani pa je iztiril vlak iz Čečenije proti Moskvi – v nesreči je bilo 8 ljudi poškodovanih.
