Zaradi člankov v Reviji 57 so ga leta 1958 aretirali in obsodili na devet let strogega zapora (po petih letih so ga pogojno izpustili), kasneje pa zaradi člankov v reviji Perspektive še na dve leti, ki ju je preživel v zaporu izoliran. Po prihodu iz zapora ni dobil potrdila o opravljeni diplomi, neuspešno pa je tudi iskal zaposlitev, zato je odšel v Nemčijo in se najprej preživljal kot nekvalificirani delavec. Medtem se je vpisal na univerzo v Hamburgu, kjer je tudi doktoriral.
Konec osemdesetih let je Pučnik sodeloval pri ustanovitvi Socialdemokratske zveze Slovenije (ki se je leta 1990 preimenovala v Socialdemokratsko stranko) in kasneje prevzel njeno vodenje. Pučnik velja za očeta Demosa ter enega osrednjih akterjev slovenske pomladi in osamosvojitve. Predvolilna koalicija ga je leta 1990 predlagala za predsedniškega kandidata, vendar ga je v drugem krogu volitev premagal Milan Kučan. Po zmagi Demosa na volitvah leta 1990 mu je sicer Lojze Peterle ponudil, naj prevzame vodenje vlade, a je Pučnik to odklonil. Vse večja razhajanja med glavnimi predstavniki vladajoče koalicije so na srečanju v Dolskem decembra 1991 pripeljala do razpusta Demosa. Aprila 1992 so socialdemokrati podprli konstruktivno nezaupnico Peterletu in imenovanje Janeza Drnovška za mandatarja, Pučnik pa je za pol leta (v času prve Drnovškove vlade) postal podpredsednik vlade.
Na državnozborskih volitvah leta 1992 so socialdemokrati doživeli poraz - dobili so le štiri poslance, zato je maja 1993 Pučnik mesto predsednika stranke prepustil Janezu Janši, sam pa je bil zlasti aktiven kot predsednik parlamentarne preiskovalne komisije za povojne poboje. Na volitvah leta 1996 Pučnik ni več kandidiral, na kongresu SDS v Portorožu leta 1999 pa so ga izvolili za častnega predsednika stranke. Ob smrti Jožeta Pučnika januarja 2003 se je v državnem zboru razvnela razprava, ali naj ima državni zbor žalno sejo ali ne, saj takšna seja ob smrti nekdanjih poslancev ni bila običajna. A se je tedanji predsednik parlamenta Borut Pahor kljub nasprotovanju nekaterih tedanjih koalicijskih strank odločil in žalno sejo sklical.
