Handanović je pri Interju, kjer je tudi kapetan, že deset let, pred tem je branil tudi za Domžale, Zagorje, Udinese, Treviso, Lazio in Rimini.

Izkušeni Slovenec je z Interjem, ki je pred kratkim v klub iz Ajaxa pripeljal še enega čuvaja mreže Andreja Onano, osvojil prvenstvo (2020/21), pokal (2021/22) in superpokal (2022).