Pahor je z zlatim redom za zasluge odlikoval kardinala Rimskokatoliške cerkve Franca Rodeta za življenjsko delo in zasluge za osamosvojitev republike Slovenije in njeno uveljavitev v svetu ter za spodbujanje kulture medverskega dialoga.
S srebrnim redom za zasluge pa je Pahor za uspešno, povezovalno in k strpnosti usmerjeno vodenje Evangeličanske cerkve v Sloveniji odlikoval škofa Gezo Fila, za vodenje Islamske skupnosti pa muftija Nedžada Grabusa.
