A posebno skrb škof iz Linza namenja beguncem. V zgornjeavstrijskih župnijah v tem mesecu poteka vrsta prireditev, povezanih z »dolgim dnevom bega« (1. oktober) ter svetovnim dnevom migrantov in beguncev (26. september), ob katerih je Škofijska pobuda za sprejem beguncev pozvala k temu, naj župniki v svojih mašah in drugih aktivnostih opozorijo na njihov položaj. Pobuda se zavzema za to, da bi v Avstriji sprejeli begunce iz grških begunskih taborišč, Manfred Scheuer pa je dejal, da cerkveni nauk posveča posebno pozornost pregnanim in tistim, ki potrebujejo pomoč, ter da zavzemanje za ljudi v stiski sodi v osrčje evangelija. Scheuer zato meni, da je pomoč ljudem, ki zaprosijo za azil, krščanska dolžnost, o kateri se ni mogoče pogajati. Tudi s Scheuerjevo podporo naj bi spomladi na pokopališču v Linzu postavili poseben spomenik umrlim na begu, med drugim v znak spoštovanja do vseh, ki so izgubili življenje v Sredozemskem morju. Prav zaradi tega pa je prejšnji teden na dvorišče župnišča vdrla skupina skrajnih desničarjev iz vrst gibanja, imenovanega Generacija identitete. Scheuer je v izjavi za javnost zatem povedal, da je bil zgrožen nad agresivnostjo skupine in ogrožanjem njegovih sodelavcev, ter hkrati napovedal, da bodo spomenik kljub temu postavili. Linškega škofa je v tej nameri odločno podprl tudi deželni glavar Thomas Stelzer iz vrst Ljudske stranke, ki je skrajnim desničarjem sporočil, da s takšnim vedenjem in prepričanjem v deželi niso dobrodošli.