Badstuber, ki je odigral 31 tekem za »elf«, je bil med letoma 2009 in 2017 član slovitega bavarskega moštva. Z njim je šestkrat slavil v nemškem prvenstvu in štirikrat v pokalnem tekmovanju, leta 2013 pa tudi v evropski ligi prvakov.
Med letoma 2017 in 2020 je kratek čas igral za Schalke in predvsem za Stuttgart, v minuli sezoni pa je bil član druge članske ekipe iz prestolnice Baden-Württemberga.
