Zakon o svobodi veroizpovedi je ob predstavitvi javnosti znova zbudil polemiko o avtokefalnosti črnogorske pravoslavne cerkve (CPC), ki po ločitvi od srbske leta 1993 uradno obstaja kot nevladna organizacija brez priznanja katere od kanonskih cerkva in le s podporo kijevske patriarhije. Božjo službo opravlja le v peščici kapelic na Cetinju in v eni od kotorskih cerkva, ne skriva pa želja, da prevzame pod svoje okrilje vse pravoslavne cerkve in samostane na območju Črne gore, ki so zdaj v rokah srbske pravoslavne cerkve (SPC), ki si je samostojno črnogorsko pripojila po prvi svetovni vojni leta 1918.

Za duhovščino SPC v Črni gori in del tamkajšnjih pravoslavnih vernikov je bil predlog omenjenega zakona najbolj sporen v prehodnih določbah, kjer cerkveno lastnino, zgrajeno z javnimi sredstvi ali v državni lasti pred letom 1918, podržavlja kot kulturno dediščino, enako podržavljanje pa predvideva za cerkvene objekte, zgrajene s skupnimi sredstvi državljanov, če zanje ni stvarnega dokaza o lastništvu. SPC ga marsikje nima.

SPC je sicer imela v bivši Jugoslaviji monopol nad pravoslavnimi verniki na njenih tleh, od razpada pa tega statusa ne more ohranjati. Makedonska pravoslavna cerkev (MPC) je sicer ohridsko patriarhijo ustanovila že leta 1959 kot avtonomno vejo SPC in osem let pozneje enostransko razglasila avtokefalnost, ki pa ji je druge kanonske cerkve niso nikoli priznale, čeprav jo makedonska država zdaj obravnava kot legitimno in na meddržavni ravni s Srbijo posreduje v sporih MPC s SPC glede lastništva nad cerkvenimi objekti. V Črni gori je tamkajšnja pravoslavna cerkev kot nevladna organizacija v mnogo bolj podrejenem odnosu do SPC, zato ne preseneča, da je stopila na stran vlade podprla sicer zelo sekularni zakon, ki pa ji vendarle omogoča, da se približa želeni avtokefalnosti izpred dobrega stoletja.

Polnočni incident

Zakonodaja ima že kar nekaj težavne zgodovine, med drugim z izjavo srbskega patriarha Irineja izpred poldrugega leta, da je položaj srbske pravoslavne cerkve v Črni gori slabši kot pod Otomani, pravoslavcev pa podoben tistemu, ki so ga preživljali v Neodvisni državi Hrvaški, ter z zatrjevanji črnogorskega predsednika Mila Đukanovića, da je SPC podaljšana roka ideologov Velike Srbije v Črni gori. Njeno potrjevanje pa se je v finalu sprejemanja sprevrglo tudi v odmeven skupščinski polnočni incident. Na začetku razprave o več kot sto dopolnilih je prosrbska opozicija v noči na petek najprej verbalno vztrajala pri preložitvi razprave, nato pa jo skušala nasilno doseči z uničevanjem skupščinskega inventarja in fizičnim obračunavanjem. Posredovala je policija, ki je imela pred tem že opraviti s protestniki, ki so blokirali ceste, in z nezadovoljnimi predstavniki klera iz SPS, ko naj bi z gumijevkami potolkla episkopa Metodija in dva vernika pri blokiranju nekega mostu na Tari. V začasnem priporu je končalo 18 poslancev prosrbske opozicijske Demokratične fronte in še štiri druge osebe, 81-članska skupščina pa je ob zavrnitvi vseh dopolnil sporni zakon sprejela s 45 glasovi, med njimi le štirimi opozicijskimi iz vrst levosredinskih socialdemokratov. Ob razkolu pravoslavnih vernikov v Črni gori pa druge verske skupnosti k samemu zakonu niso imele odmevnejših pripomb, kar je za analitike dokaz več, da gre za spor na ravni srbske in črnogorske cerkve in nacije.