Ob vstopu v EU je Slovenija komisiji predložila območja Natura 2000 po direktivi o pticah in predloge za območja po direktivi o habitatih. Na biogeografskih seminarjih leta 2005 in 2006 je Evropska komisija ob podpori Evropske agencije za okolje iz Pariza v sodelovanju z nevladnimi organizacijami in predstavniki lastnikov preverjala zadostnost teh predlogov. Ker ugotovljenih pomanjkljivosti Slovenija ni pravočasno odpravila, je komisija leta 2012 proti njej sprožila predsodni postopek.
Slovenija je leta 2013 in 2016 z vladnim predpisom dopolnila predloge omrežja Natura 2000. Komisija je dopolnitve preverila in sedaj postopek kot uspešno rešen zaključila. Slovenija za dokončno zadostnost določitve območij Natura 2000 za vse vrste in habitatne tipe potrebuje le še znanstvene rezultate v tistem delu, kjer ima znanstveni pridržek.
Medtem pa je komisija sprožila nov postopek, ki se nanaša na direktivo o določitvi skupnih metod ocenjevanja hrupa. Kot so pojasnili na okoljskem ministrstvu, je rok za prenos direktive potekel konec lanskega leta, ministrstvo pa že pripravlja spremembe uredbe o mejnih vrednostih kazalcev hrupa v okolju. Rok za odgovor komisiji je 30. marec.
